十二、增加一条，作为第二十三条：“国家禁止新建无水污染防治措施的小型化学制纸浆、印染、染料、制革、电渡、炼油、农药以及其他严重污染水环境的企业。”
十三、增加一条，作为第二十六条：“跨行政区域的水污染纠纷，由有关地方人民政府协商解决，或者由其共同的上级人民政府协调解决。”
十四、第二十条改为第二十八条，增加一款作为第二款：“造成渔业污染事故的，应当接受渔政监督管理机构的调查处理。”
十五、增加一条，作为第三十九条：“县级以上地方人民政府的农业管理部门和其他有关部门，应当采取措施，指导农业生产者科学、合理地施用化肥和农药，控制化肥和农药的过量使用，防止造成水污染。”
十六、增加一条，作为第四十七条：“违反本法第十三条第三款规定，建设项目的水污染防治设施没有建成或者没有达到国家规定的要求，即投入生产或者使用的，由批准该建设项目的环境影响报告书的环境保护部门责令停止生产或者使用，可以并处罚款。”
删去第三十七条第二项。
十七、增加一条，作为第四十八条：“违反本法第十四条第二款规定，排污单位故意不正常使用水污染物处理设施，或者未经环境保护部门批准，擅自拆除、闲置水污染物处理设施，排放污染物超过规定标准的，由县级以上地方人民政府环境保护部门责令恢复正常使用或者限期重新安装使用，并处罚款。”
十八、增加一条，作为第四十九条：“违反本法第二十条第四款规定，在生活饮用水地表水源一级保护区内新建、扩建与供水设施和保护水源无关的建设项目的，由县级以上人民政府按照国务院规定的权限责令停业或者关闭。”
十九、增加一条，作为第五十条：“违反本法第二十二条规定，生产、销售、进口或者使用禁止生产、销售、进口、使用的设备，或者采用禁止采用的工艺的，由县级以上人民政府经济综合主管部门责令改正；情节严重的，由县级以上人民政府经济综合主管部门提出意见，报请同级人民政府按照国务院规定的权限责令停业、关闭。”
