16.
水利工程质量事故处理暂行规定（1999年3月4日水利部令第9号发布）
17.
水利水电建设工程蓄水安全鉴定暂行办法（1999年4月16日水利部水建管〔1999〕177号发布）
18.
珠江河口管理办法（1999年9月24日水利部令第10号发布）
19.
水利部行政复议工作暂行规定（1999年10月18日水利部水政法〔1999〕552号发布）
20.
水利基本建设项目稽察暂行办法（1999年12月7日水利部令第11号发布）
21.
水土保持生态环境监测网络管理办法（2000年1月31日水利部令第12号发布）
22.
水政监察工作章程（2000年5月15日水利部令第13号发布，2004年10月21日水利部令第20号修正）
23.
水利工程建设项目招标投标管理规定（2001年10月29日水利部令第14号发布）
24.
建设项目水资源论证管理办法（2002年3月24日水利部、国家计委令第15号发布）
25.
开发建设项目水土保持设施验收管理办法（2002年10月14日水利部令第16号发布，2005年7月8日水利部令第24号修正）
26.
水文水资源调查评价资质和建设项目水资源论证资质管理办法（试行）（2003年2月21日水利部令第17号发布，2005年7月8日水利部令第24号修正）
27.
水库降等与报废管理办法（试行）（2003年5月26日水利部令第18号发布）
28.
长江河道采砂管理条例实施办法（2003年6月2日水利部令第19号发布，2010年5月14日水利部令第39号修正，2010年12月28日水利部令第42号第二次修正）
29.
黄河河口管理办法（2004年11月30日水利部令第21号发布）
30.
入河排污口监督管理办法（2004年11月30日水利部令第22号发布）
31.
水行政许可实施办法（2005年7月8日水利部令第23号发布）
32.
水利工程建设安全生产管理规定（2005年7月22日水利部令第26号发布）
33.
水行政许可听证规定（2006年5月24日水利部令第27号发布）
