第四十七条 项目实施单位应按照经批准的初步设计组织实施，施工单位应严格按照设计图纸施工，不得擅自变更建设地点、规模、标准和主要建设内容。
第四十八条 各级农发机构要加强项目实施过程中的检查监督，进行定期检查或专项检查，发现问题及时纠正，确保工程质量和资金使用效益。
第四十九条 省级农发机构应在每年3月底前向国家农发办报送上年度项目实施计划完成情况统计表。
第五十条 农业综合开发竣工项目验收的主要依据包括国家制定的农业综合开发方针政策、规章制度及工程建设标准，项目年度实施计划批复、调整及资金拨借文件，以及经批准的项目初步设计。
第五十一条 农业综合开发竣工项目验收的主要内容包括执行国家农业综合开发政策的情况，项目建设任务与主要经济技术指标完成情况，主要工程建设的质量情况，资金到位及农民筹资投劳情况、资金使用和回收落实情况，工程运行管理和文档管理情况等。
第五十二条 农业综合开发竣工项目一般由省级农发机构进行验收，部分竣工项目可以委托地级农发机构验收。
县级农发机构和项目实施单位应做好项目竣工验收前的准备工作，由地级农发机构进行督查。
第五十三条 国家农发办每年对竣工项目进行综合检查。省级农发机构在对竣工项目组织验收的基础上向国家农发办提交验收总结报告。国家农发办采取直接组织或委托的方式进行检查，作出综合评价。
第五十四条 农业综合开发项目竣工验收后，应当明确管护主体，及时办理移交手续。
管护主体应建立健全各项运行管护制度，保证项目正常运转，长期发挥效益。
各级农发机构应做好后期项目监测评价工作，为改进项目管理提供依据。
第五十五条 农业综合开发项目区应按照“谁受益谁负担”、“以工程养工程”的原则筹集项目运行管护费用；推行建立自主管理灌排区的投资、养护管理机制；采取拍卖、租赁、承包等方式对形成的资产实行有效管理。
第五十六条 对因自然灾害造成的农业综合开发项目区损毁工程，其修复所需资金原则上由各省自行解决。遇有特大灾情，财政部视财力情况予以适当补助。
