八、删除第二十七条第二款，并将第一款修改为：“财政资金的使用实行县级报账制。项目实施单位要严格按照规定的程序及时办理报账。报账资金的拨付实行转账结算，严格控制现金支出，严禁白条入账。”
九、将第二十九条修改为：“财政部对经查明的挤占、挪用农业综合开发资金及虚报农业综合开发项目等违规违纪问题，应责令改正，追回资金，并按照有关规定追究有关单位和责任人的责任。”
十、将第三十七条修改为：“产业化经营项目一般安排在农业综合开发县，申报单位或其控股单位应当具有独立的法人资格，经营期在两年以上，有一定的经营规模和经济实力，有较强的自筹资金能力，能保证资金安全运行，近两年资产负债率小于70%，银行信用等级A级以上（含A级，未向银行贷款的除外），开发产品科技含量高，市场潜力大，竞争优势明显，带动能力强，与农户建立了紧密、合理的利益联结机制，建立了符合市场经济要求的经营管理机制。
“除具备前款规定的条件外，种植养殖基地项目须有明显的资源优势和特色；农产品加工项目须有优势农产品基地作依托，向农户采购的原料占所需原料的70%以上；储藏保鲜、产地批发市场项目须为项目区提供与生产和加工相关的服务。”
十一、将第三十八条第一款修改为：“高标准农田示范工程项目、中型灌区节水配套改造项目由国家农发办组织评估、审定或委托省级农发机构组织评估、审定。”
十二、将第四十二条第（三）项修改为：“附件：省级财政部门对承担配套资金的承诺意见。”
十三、将第四十三条第二款修改为：“产业化经营项目年度实施计划由省级农发机构批复，报国家农发办备案”，第三款中的“拨借”改为“支付”。
十四、将第四十四条第（六）项修改为：“所有项目的调整、变更或终止，应在项目立项次年6月底之前完成，逾期由国家农发办逐级收回资金。”
十五、将第五十三条修改为：“国家农发办每年对竣工项目进行综合检查。省级农发机构在对竣工项目组织验收的基础上向国家农发办提交验收总结报告。国家农发办采取直接组织或委托的方式进行检查，作出综合评价。”
十六、将第五十六条修改为：“对因自然灾害造成的农业综合开发项目区损毁工程，其修复所需资金原则上由各省自行解决。遇有特大灾情，财政部视财力情况予以适当补助。”
