以科学发展观为指导，以提升农业科技自主创新能力、满足产业发展的科技需求为目标，统筹规划、完善功能、创新机制、提升能力，促进基地、人才、项目相配套，基本形成布局合理、任务明确、协作紧密、运转高效的农业重点实验室体系，并与现代农业产业技术体系和推广体系紧密衔接，为农业科技事业发展提供有力保障。
（二）建设原则
--统筹规划、合理布局。强化顶层设计，围绕国家发展的战略需求和农业科技发展趋势，按照不同地区农业资源禀赋，结合我国农业科研机构学科发展的状况，科学规划，突出重点。
--政府主导、部门协作。在充分发挥国家和地方政府公共科技资源供给主导作用的同时，加强部门间协作，充分调动高等院校、科研院所、中介机构、行业协会和企业等各方面的积极性。
--产业导向、定点建设。围绕产业发展和地方经济建设的需要，选择区域优势科研教学单位建设，并在科学评估的基础上，引导各级财政和相关计划对实验室予以稳定和持续支持。
--创新机制、强化管理。以资源整合共享为核心，打破资源分散、封闭和垄断的状况，强化重点实验室之间联合协作，积极探索有利于重点实验室发展和壮大的管理体制与运行机制。
--立足现有、稳步推进。按照整合、共享、完善、提高的要求，在充分发挥现有重点实验室建设的基础上，有效调控增量、激活存量，分阶段积极稳妥地推进重点实验室体系建设。
（三）建设目标
按照综合性重点实验室、专业性（区域性）重点实验室、农业科学观测实验站三个层次建设。
1.围绕国家农业科技发展的重大战略需求，建设30个以上综合性农业部重点实验室。
2.围绕农业产业发展、区域经济发展和学科建设的需求，建设170个以上的专业性（区域性）农业部重点实验室。
3.围绕科学数据获取、技术集成研究和示范的需求，建设200个以上的农业科学观测实验站。
到2015年，初步建成30个左右以综合性重点实验室为龙头、专业性（区域性）重点实验室为骨干、农业科学观测实验站为延伸的一体化布局的“学科群”，也称“学科领域群”。
三、建设布局
（一）综合性重点实验室建设布局
按照现代农业发展需求、世界农业科技的发展趋势、农业领域学科布局和已有建设基础等，规划建设30个以上农业部综合性重点实验室，其名称及所在“学科群”的主要研究方向是：
1.农业部农业基因组学重点实验室：以阐明主要生物基因组DNA中碱基对的序列信息，破解相关的遗传信息为目标，以农业生物功能基因组测序、基因发掘与功能验证为重点，开展功能基因组学研究与利用，分离产量、品质、抗逆、营养高效等重要性状基因和调控元件，解析性状调控的分子网络，建立基因组学研究平台，为农业生物育种提供目的功能基因。
2.农业部作物基因资源与种质创制重点实验室：主要开展作物基因资源和新基因发掘的理论基础与技术创新，作物遗传多样性及保护生物学，作物品种分子设计的理论基础与技术研究，建立主要作物种质创新和利用平台，为作物育种提供优质、高产、抗逆、养分高效等新种质。
3.农业部水稻生物学与遗传育种重点实验室：主要开展水稻种质改良与创新利用，水稻遗传多样性及保护生物学，水稻雄性不育和杂种优势机理，品质形成机理，水稻基因定位与克隆、转基因、分子标记、分子设计等育种技术研究，为水稻新品种培育提供新材料、新技术。
4.农业部麦类生物学与遗传育种重点实验室：主要开展优异麦类基因资源发掘与创新，重要性状基因定位、克隆与功能鉴定，麦类作物遗传多样性，转基因、分子标记、细胞工程、分子设计等育种技术研究，建立麦类育种体系，为麦类作物新品种培育提供新材料、新技术。
