案件会审委员会可以对会审的案件作出同意拟处罚决定的意见、修改拟处罚决定的意见和不同意拟处罚决定的意见。
对违法事实清楚、证据确凿、定性确切、适用法律正确、量罚得当、符合法定程序的案件，可作出同意拟处罚决定的意见。
对违法事实清楚、证据确凿、定性确切、适用法律正确、符合法定程序，但拟处罚决定不恰当的案件，可作出修改拟处罚决定的意见。
对存在事实不清、证据不足、定性不确切、适用法律不当及违反法定办案程序等问题的案件，可作出不同意拟处罚决定的意见，由案件承办人员进一步完善后，再次提请会审。
经案件会审委员会会审同意或修改拟处罚决定的案件，要报经本级行政办公会议（支队长办公会议、海区总队总队长办公会议、中国海监总队总队长办公会议）研究（与案件会审委员会会审意见不同的意见，也应一并报行政办公会议研究），并按行政办公会议的意见，依程序实施行政处罚。
三、实行主协办监察员责任制
中国海监总队、中国海监海区总队、中国海监海区支队查办违法案件均实行主协办监察员责任制。即：每宗案件都要由立案机构确定一名主办监察员和一名以上协办监察员负责案件查处工作。由主办监察员主持具体案件的查办工作并对案件查处工作负主要责任。协办监察员协助主办监察员开展案件查处工作。立案机构确定的主办监察人员必须确保具有独立办案能力及必要的政治素质。主协办监察员独立开展案件相关查处工作，并独立承担案件的相应责任。
主协办监察员在案件的查处过程中，独立开展以下工作：
1．独立开展调查取证工作。
2．独立认定案件的违法事实。
3．独立确定案件的违法性质。
4．独立确定案件的法律适用。
5．独立拟定拟处罚意见。
6．独立完成案件调查终结报告。
主协办监察员在办案过程中，要对下列问题承担直接责任，情节严重的要追究行政责任和相关法律责任。
1．非法取证、伪造证据或取证错误。
2．认定事实错误、伪造或掩盖事实。
3．对违法案件定性严重错误。
4．严重违反法定办案程序。
主协办监察员代表案件立案查处的海监机构开展案件查处工作，要接受立案查处的海监机构领导。在办案过程中，主协办监察员负责案件的全过程办理。案件立案查处的海监机构要确保主协办监察员独立开展办案工作。同时，案件立案查处的海监机构要对案件查处工作给予充分的支持，并对因故不适宜继续参加办案的主协办监察员应及时予以调整。
