陆路货运口岸分设空车和重车通道，以利于车辆的分流，提高工作效率。在实现计算机联网的基础上，将目前出入境车辆从指定口岸通关改为自然分流通关。
　　海港口岸，各查验及服务单位每天为港口提供２４小时不间断服务，可昼夜随时报检，保证船舶及时进出港口。对国际航行船舶，除特殊情况外，港监、边检、海关、卫检、动植检等查验单位一般不登轮检查；卫生检疫部门对来自非疫区的国际航行船舶，实施电讯检疫。
　　在口岸通道上，按照国际惯例，只保留边检和海关，即边检管人，海关管物。卫检、动植检不在查验通道上设点，保留现场工作间，加强后续监管，与边检、海关配合把关。在陆、海、空客运口岸通道上，由海关印制统一的旅客出入境申报单，在现有海关申报单上增加卫检、动植检等有关查验单位需要旅客申报的内容。海关受有关部门委托对卫检和动植检的检查项目负责检查，在检查中对有疑问的，交有关单位进行处理。口岸管理区的安全保卫工作由当地公安机关负责。
　　为方便货物、交通工具进出境，在一类货运口岸采取集中报关、报检，查验单位分别查验的办法，实行“一条龙”服务。
　　建立计算机查验网络，实现信息资源共享，提高监管水平。尽快组织实施《深圳陆路口岸计算机查验网络工程总体方案》。以海关现有信息管理中心为基础，将口岸查验部门重新确定的业务范围和查验对象所需的监管资料，纳入统一的计算机管理中心，确属不宜公开的资料，不得对外公布。
　　（五）改革口岸收费制度。
　　改革目前收费名目繁多，多家收费的状况，减少收费种类，统一对外公布收费项目和标准，并严格执行。
　　改变目前一些口岸查验单位“差额预算，自收自支”的财务管理方式，实行“收支两条线”财务管理体制。
　　货运口岸，对需要报检、报验的进出口货物和进行卫生检查的出入境人员，各查验单位要严格按国家规定的项目和标准收费，不检查、不检验、不处理的不得收取费用。对进出口货物和出入境交通工具收取适当的口岸建设、管理费，具体收费标准，由国家计委会同有关部门提出，报国务院批准后执行。所收费用专款专用，用于为口岸配套的设施建设及现场查验设备的购置和维护。报检、报验时，对转口集装箱抽检率不得超过１０％。由国家计委、财政部商国家口岸办等有关部门制定“深圳口岸检疫、检验收费管理暂行规定”。口岸各种收费要接受深圳物价部门的监督。
　　（六）加强廉政建设，建立约束机制。

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