（一）按照建立社会主义市场经济体制的要求，坚持改革创新，对现行法规和管理体制允许有所突破。
（二）要在国家宏观指导下，充分考虑深圳的特点，从实际情况出发，有利于促进经济的发展。
（三）符合国际惯例，适应香港回归祖国后的需要。
（四）既要有效监管，又要提高效率，切实维护贸易秩序的统一。
（五）维护国家主权，保卫国家安全。
（六）正确处理中央和地方之间以及口岸有关部门之间的关系，顾全大局，密切配合，搞好协作。
（七）循序渐进，先易后难，分步实施，分步到位。
三、改革的内容
（一）理顺查验工作关系。
对口岸现行有关查验内容进行全面清理，解决不合理的业务交叉，明确合理分工，突出检查重点，避免重复抽样，重复检查。由国家口岸办牵头，研究制定“深圳进出口货物查验工作分工暂行规定”。在规定出台之前，可按广东省人民政府《关于深圳陆路运输口岸集中查验统一收费的批复》（粤府函［１９９３］４４４号）的有关要求执行。
（二）改革边检人员现行的兵役制，进行边检人员职业化试点。
目前，边检人员实行兵役制，不利于稳定队伍和提高检查人员的业务素质。为此，公安部已制订《出入境管理和公安边防管理体制改革方案》并上报国务院。在该方案正式批准前，可以先在深圳口岸进行边检人员职业化试点。
（三）改革卫检、动植检、商检管理体制。
为实现深圳口岸管理与国际惯例接轨，由中编办、国家体改委会同有关部门，对卫检、动植检、商检等单位的机构设置及管理体制改革进行专题研究，今年下半年提出改革的方案，报国务院批准后实施。
（四）简化查验程序，提高工作效率。
继续贯彻落实《
国务院办公厅转发国家经贸委关于改进深圳陆运口岸管理工作意见的通知》（国办发［１９９４］３４号）和《
国际航行船舶进出中华人民共和国口岸检查办法》，加强前期监管和后续管理，简化中间环节。
出口货物的监管，一般贸易货物可以采取提前报关报检；保税合同加工货物，采取集中报关查验。卫检、动植检、商检可根据企业信誉程度，采取集中报检或逐次报检相结合、产地检验和口岸检验相结合的方法。我国法律、行政法规未规定检疫、检验的；进口国不要求检疫、检验的，可不列入卫检、动植检和商检的检验目录。
进口货物的监管，除规定在口岸征税或征收保证金的货物外，对加工贸易和转关运输货物，原则上采取以后续管理为主的方法进行监管。在海关风险管理的基础上，实行分类管理，对非敏感性商品、守法企业，可以采取转关运输，由海关统一施封，到达目的地后再由有关查验单位检验放行。对危险性较大的少数货物，采取调离通道，由有关查验单位隔离处理。
