（三）企业实行自收自支及差额预算管理的事业单位，无论是自清自查还是重点清查出的“小金库”资金，扣除按税法规定补交流转税后的余额部分，列入“以前年度损益调整”科目；重点清查中被处以的罚款，列入“营业外支出”科目，一律不得抵减所得税应纳税所得额。
有行政性收费和罚没收入的单位，以及实行全额预算管理的事业单位，在重点清查中被处以的罚款，如数扣减财政拨款。
（四）清理检查出“小金库”资金已支用数中用于职工奖励、补贴、津贴和发放实物的部分，应如数计入个人所得额，按规定征收个人所得税。
（五）清理检查出“小金库”资金应补交的税款和收缴的罚款，要严格按照现行财政体制，专项缴入中央财政和地方财政，不得混作正常缴库。其中应缴入中央财政的税款和收缴的罚款，由企业和单位直接汇交财政部在中国工商银行总行开设的大检查过渡存款户。
（六）对私设“小金库”行为情节严重、必须追究单位领导人和直接责任人党纪、政纪责任的，交由纪检、监察部门处理；触犯刑律的，移交司法机关处理。
（七）各部门组织力量对其所属单位进行的清理检查，视同部门自清自查。
（八）在清理检查“小金库”中发现的其他违反财经法规的问题，按国家有关规定处理。
五、各地区、各部门要广泛发动人民群众举报，设立并公布举报电话。要注意保护举报人，凡对举报人打击报复的，由纪检、监察部门给予处理。凡根据举报线索清理检查出已交财政的“小金库”资金，应给予举报人适当奖励，奖励金额一般为查出已交财政“小金库”资金数额的３％，最高不超过２万元。奖励资金来源，从收缴的“小金库”资金中列支。
六、各地区、各部门要加强对这次清理检查“小金库”工作的领导，切实做好思想发动、舆论宣传和政策解释工作，在调查了解掌握情况的基础上，精心确定重点清查单位，周密部署清查；对于情节严重、性质恶劣的私设“小金库”典型案件要公开曝光，以推动清理检查的深入进行。
七、这次清理检查工作，在各级党委和人民政府直接领导下进行。各地区、各部门要把这项工作作为反腐倡廉的一项重要措施列入议事日程。各级财政、审计部门和银行要积极参加，共同完成清理检查“小金库”任务，并请各级纪检、监督部门大力支持和密切配合。有关清理检查的具体工作，由各级大检查办公室负责组织落实。
八、这次清理检查结束后，各级财政部门和大检查办公室一方面要帮助企业和单位认真总结经验教训，建立健全规章制度，增强自我约束机制；另一方面要进一步深化财税改革，加强财政法制建设，建立和完善财政监督体系，强化财政监督，防止“小金库”现象的产生和蔓延。
