（二）权责明确，规范管理。农业行业科研专项管理各方权责明确、各负其责，坚持政府决策与专家咨询相结合，注重吸收现代农业产业技术体系、行业学会（协会）、推广部门、学术团体、农业产业化龙头企业、农民专业合作组织的意见，实行决策、实施、监督相互独立、相互制约的管理机制。
（三）科学安排，整合协调。严格按照专项经费支持的目标，科学合理地编制和安排项目预算，加强农业科技资源的统筹协调和有效整合。
（四）专款专用，追踪问效。严格按照国家有关财务制度的规定，将农业行业科研专项经费纳入单位财务统一管理，单独核算，确保专款专用，并建立面向结果的追踪问效机制。
第四条 根据农业行业科研专项特点，一般采取择优委托或招标方式确定项目承担单位。
第五条 农业部系统外的单位牵头承担农业行业科研专项的财政资金占农业行业科研专项经费的比例一般不低于50% 。
第六条 农业行业科研专项实行民主化、专业化、透明化管理，接受社会的监督。
第二章 组织管理
第七条 农业部财务司、科技教育司和相关行业司局按照分工，共同负责农业行业科研专项的组织实施和监督管理工作。
第八条 财务司的主要职责是：
（一）会同科技教育司制定专项经费管理制度；
（二）会同科技教育司组织项目总预算、年度预算及实施方案的编制、审核和申报工作；
（三）根据财政部预算批复下达专项经费总预算及年度预算；
（四）参与组织监督检查、年度评估、绩效考评、项目验收等工作，具体组织财务验收工作；
（五）本细则规定的其他职责。
第九条 科技教育司的主要职责是：
（一）按照有关规定组建农业行业科研专项管理咨询委员会（以下简称委员会），会同行业司局组建行业咨询专家组；
（二）牵头制定全国农业行业科技发展规划；
（三）负责征集技术需求，建立技术需求库；
（四）组织备选项目立项前期研究和评估；
（五）提出项目立项建议，会同相关行业司局、相关学术团体遴选项目承担单位和首席专家，组织编写项目建议书，配合科技部对建议项目进行协调；
（六）配合财务司组织项目总预算、年度预算、实施方案的编制、审核和申报工作，具体组织项目实施方案评审；
（七）与项目承担单位签订项目任务书，协调处理项目实施中的重大问题，会同财务司、行业司局组织监督检查、年度评议、项目验收、绩效考评等工作。
（八）本细则规定的其他职责。
第十条 相关行业司局的主要职责是：
