第十一条 中央专项资金负担项目的平均每座水库投资控制额，按450万元/座确定。水库平均投资额较高等地区，适当提高中央专项资金补助金额。
第十二条 中央专项资金按照“早建早补、晚建晚补、不建不补”的原则，分年度安排到位。分省（区、市）分年度中央专项资金预算，将根据中央专项资金年度预算总规模和分省（区、市）分年度中央专项资金负担项目数及应补助金额进行控制。
分省（区、市）分年度中央专项资金负担项目数＝该省（区、市）分年度项目任务个数×地区差别系数
分省（区、市）分年度中央专项资金应补助金额＝分省（区、市）分年度中央专项资金负担项目数×该省（区、市）平均每座水库控制投资额×奖补系数
第十三条 地方资金负担的项目要及时足额落实地方资金，确保与中央专项资金负担的项目同步实施。分省（区、市）分年度地方资金负担项目数计算公式：
分省（区、市）分年度地方资金负担项目数＝该省（区、市）分年度项目任务个数－分省（区、市）分年度中央专项资金负担项目数
第十四条 分省（区、市）分年度项目任务个数，由水利部会同财政部按规划任务总量分解确定。奖补系数，由财政部商水利部根据分省（区、市）上一年度地方资金承担的任务完成情况和中央专项资金承担任务完成进度确定；2010年的奖补系数，根据分省（区、市）《现有规划》任务完成情况确定。
第十五条 小型病险水库项目建设期终了，财政部将会同水利部对各地建设任务按实际完工小型病险水库项目数量及控制投资额进行清算。完成目标任务的，按标准兑现中央专项资金补助；完不成目标任务的，按实际完成数量和补助标准清算中央专项资金，多补助的中央专项资金将予以收回。
第三章 中央专项资金下达和使用管理
第十六条 省级水行政主管部门会同财政部门分解由中央专项资金负担及由地方资金负担的除险加固任务到具体项目，并根据水利部会同财政部分解的分省（区、市）分年度项目任务个数，列出分年度、分具体项目清单，报水利部、财政部备案。
