第三十三条 地方各级水利部门要做好项目规划、设计、建设管理和技术指导，落实工程建成后的运行管护责任。县级水利部门要逐步建立和完善由项目法人或业主负责的建设和管护机制，推进工程产权制度改革。
县级财政、水利部门要加强项目建设日常监管，掌握项目建设进度，发现问题及时纠正。各级财政、水利部门对项目建设情况采取随机方式进行抽查监督。
第三十四条 各省财政、水利部门，新疆生产建设兵团和农业部有关部门要建立健全项目管理和资金使用情况统计报告制度，于每年3月底前向财政部、水利部报送上年项目实施和资金使用情况。
第三十五条 各省财政、水利部门要建立绩效考核制度，将项目建设的组织管理、建设进度、工程质量、资金投入、资金整合、资金使用和监管，以及管护机制等因素纳入考核范围。中央对省进行考核，省对县进行考核。中央对省的考核结果作为下一年度分配资金的重要因素。
第三十六条 对在小农水专项资金和水土保持专项资金使用管理中违反财政资金拨付和预算管理规定的，依照《
财政违法行为处罚处分条例》（国务院令第427号）及有关法律、法规给予处理、处罚、处分。
对小农水专项资金和水土保持专项资金使用不规范、项目建设管理混乱，存在违规违纪问题被省级以上审计机关、财政部驻各省财政监察专员办事处检查处理或通报，以及被媒体曝光并核实的，将核减以后年度中央对省小农水专项资金和水土保持专项资金分配额度、重点县名额。涉及重点县的，取消重点县资格，三年内不得重新申报；涉及专项工程的，取消该项目所在县申报小农水专项工程资格，三年内不予安排。
第五章 附则
第三十七条 各省财政、水利部门，新疆生产建设兵团、农业部有关部门根据本办法并结合实际，制定实施细则，报财政部、水利部备案。
第三十八条 本办法自发布之日起施行。财政部、原水利电力部《关于发布〈小型农田水利和水土保持补助费管理的规定〉的通知》〔（87）财农字第402号〕，财政部、
水利部《关于印发〈中央财政小型农田水利工程建设补助专项资金管理办法（试行）〉的通知》（财农〔2006〕124号）同时废止。
