专项工程建设项目，由符合条件的申报主体提出申报后，县级财政、水利部门负责归类汇总，以县为单位组织编制《小型农田水利专项工程建设方案》和《小型农田水利专项工程建设标准文本》等申请材料和文件，并逐级联合向省级财政、水利部门申报。
项目申报涉及筹资筹劳的应当按照有关规定“一事一议”，经村民民主议事取得同意，并提供村民会议有关决议，按程序提出申报，报县级财政、水利部门。项目申报主体为农民用水合作组织或其他农民专业合作经济组织的，须同时报送合作组织证书复印件。
第十七条 各省财政、水利部门负责组织专家对县级申报材料进行评审，确定重点县和专项工程建设内容、资金支持重点，归类汇总和编制省级申报材料及资金申请文件，连同省级专家评审意见联合上报财政部、水利部。
第十八条 新疆生产建设兵团和农业部有关部门，根据财政部、水利部制定的年度小农水专项资金项目立项指南，负责组织项目单位编制《小型农田水利专项工程建设方案》和《小型农田水利专项工程建设标准文本》，并负责组织专家对各项目单位申报材料进行评审。
评审工作结束后，将有关申报材料、资金申请文件等报送财政部、水利部。
新疆生产建设兵团和农业部有关部门分别对各自报送的申报材料的完整性和真实性负责。
第十九条 小农水专项资金项目审查要严格执行有关评审标准与要求，应当遵循以下原则：
（一）农民自愿原则。项目立项、建设要充分尊重农民意愿，项目建设方案、筹资筹劳方案和管理运行方式要经过项目区农民同意或民主议事通过。
（二）规划指导原则。项目立项、设计应依据有关规划，以有关规划为基础；项目施工、建设应按照有关规划和要求组织实施。
（三）因地制宜原则。根据当地水资源条件、生产实际需要和投资可能，确定项目工程措施和类型，做到经济上合理，技术上可行。
（四）集中连片原则。项目安排要集中资金和技术，连片建设，形成规模，发挥工程的整体效益。
（五）项目统筹原则。县级要依据农田水利规划，按照资金整合的总体要求，统筹考虑各类相关项目的建设方案、项目建设能力等情况，合理安排项目布局、建设内容和规模。省级统筹考虑各项目区实际情况，合理安排重点县建设项目与专项工程项目的建设布局和资金规模。
