中央财政根据小农水专项资金预算规模以及上述因素，测算确定分配给各省的资金补助额度。
新疆生产建设兵团、农业部直属垦区不纳入因素法测算范围。由中央财政根据新疆生产建设兵团、农业部直属垦区小型农田水利设施建设任务、上年度项目实施情况和资金使用管理情况等适当给予定额补助。
第十二条 中央财政对重点县建设和专项工程建设实行不同的资金补助方式：
（一）重点县建设实行定额补助。中央财政按照一定的补助标准和重点县名额，核定分配给各省的重点县建设资金补助额度，各重点县具体补助金额由各省自行确定。
（二）专项工程建设实行比例补助。中央财政按照项目总投资的一定比例，核定分配给各省及新疆生产建设兵团、农业部的专项工程补助额度。
重点县和专项工程的具体补助标准和比例，由中央财政根据有关政策和年度资金预算，在制定年度小农水专项资金项目立项指南时确定。
第十三条 财政部、水利部根据国家农业发展政策、小型农田水利建设总体要求以及当年小农水专项资金预算规模，及时制定和发布年度小农水专项资金项目立项指南，将重点县分配或调整名额、小农水专项资金补助控制指标、项目管理费提取比例等下达各省及新疆生产建设兵团、农业部。
第十四条 小农水专项资金的申报主体，包括专项工程申报主体和重点县申报主体。
（一）重点县申报主体为县级财政和水利部门。
（二）专项工程申报主体包括：
1.农户或联户；
2.农民用水合作组织；
3.村、组集体；
4.其他农民专业合作经济组织。
第十五条 重点县和专项工程建设项目依照自下而上的原则逐级申报。
省级财政、水利部门，根据财政部、水利部下发的年度小农水专项资金项目立项指南，组织开展重点县和专项工程的立项申报、资金申请等工作。
地方各级财政、水利部门共同对各自上报的申报材料的完整性、真实性负责。
第十六条 重点县建设项目，由县级财政、水利部门依据本地农田水利规划以及重点县的建设目标和要求，组织编制《小型农田水利重点县建设方案》、《小型农田水利重点县建设标准文本》等申请材料和文件，逐级联合向省级财政、水利部门申报。
