第二十条 重大项目学术领导小组每年召开一次检查会，听取并评议各课题研究工作进展报告，提出下年度研究计划和经费分配建议。研究工作进展情况的中期检查，应邀请参加论证评审的专家或学科评审组专家参加。年度检查和中期检查后均应向主管科学部报送《国家自然科学基金重大项目年度进展报告》及所属课题年度进展报告（一式二份，填报要求同面上项目）。
第二十一条 科学基金委员会对重大项目实行动态管理。重大项目学术领导小组可根据学科前沿发展需要和研究计划执行情况，对研究计划、研究队伍及经费分配方案提出调整建议，必要时增加新的课题和研究单位或中止对某些研究内容和承担单位的资助，经科学部及分管委主任批准后实施。
第二十二条 重大项目承担单位应将研究任务列入本单位的重点科研计划，落实所需条件，加强监督检查，解决存在问题确保研究工作的顺利进行。
第二十三条 重大项目资助经费总额一次批准，分年度核定拨款，经费拨至重大项目主持人和课题负责人所在单位。经费使用和管理按《
国家自然科学基金资助项目财务管理办法》执行。
第二十四条 重大项目批准经费含研究经费、机动经费、国际合作与交流经费，一般按８∶１∶１比例预算。研究经费用于研究工作的直接需要，按课题做分配计划，分年度核定。机动经费，部分用于对优秀课题的增拨，部分用于项目的学术交流、检查、验收等活动。国际合作与交流经费用于开展国际合作研究与学术交流，实施办法另行规定。
第二十五条 项目主持人和课题负责人的变更，执行科学基金面上项目相应规定。代理人选由项目学术领导小组协商确定，报主管科学部批准；更换人选由项目学术领导小组提出建议，经主管科学部审查，报分管委主任批准，计划局备案，并通告有关单位。
重大项目的项目负责人、课题负责人和具有高级专业技术职称的主要成员，不得因申请新的重大、重点项目而退出在研重大项目。
第二十六条 课题中止，由项目学术领导小组提出，主管科学部审核，分管委主任批准，送计划局备案，所余经费额度纳入该项目机动经费。项目中止，由主管科学部提出，委务会议审批，所余经费纳回科学基金重大项目经费。
