第十三条 科学基金委员会科学部对申请书初审后，按项目组织同行评议。每个项目应有五份以上有效的同行评议意见。科学部综合、分析同行评议意见，按择优原则提出建议支持的项目（包括课题构成、项目主持人、课题负责人及研究队伍）。
第十四条 重大项目评审采取论证会方式，论证会前需完成下列工作：
１、科学部组织有关专家根据同行评议意见，就项目研究目标、研究内容、课题设置、研究队伍等进一步研讨、协调、并修改、完善申请书。
２、属联合资助的项目、资助各方应签署协议书，明确资助的研究内容与目标、各方投入经费的数额与方式、各方权利和义务等，协议书由科学部商综合计划局（以下简称计划局）后签署。
３、科学部提出同行评议情况汇总、有关资助初步意见、项目评审论证专家组（７－１１位）名单，送计划局复核，经分管委主任审核批准后组织论证。
第十五条 项目论证会，听取项目和课题的申请报告，就项目目标与研究方案、课题研究重点与技术路线、预期成果等（如已有国际合作与交流计划亦应加以说明），进行面对面答辩和背靠背评审。评审结果填入《国家自然科学基金重大项目评审意见》。
第十六条 项目主持人和课题负责人根据评审意见，修改、调整、完善研究方案，填写《国家自然科学基金重大项目任务书》和《国家自然科学基金重大项目课题任务书》，连同按规定格式录制的计算机软盘报送项目主管科学部，经审查、签署意见后，送计划局复核并将计算机软盘输入科学基金委员会信息管理系统。
第十七条 科学基金委员会分管委主任审查评审意见及项目任务书，委务会议批准项目实施。科学基金委员会向项目主持人、课题负责人及其所在单位下达重大项目批准通知和重大做为执行、检查研究计划和验收工作的依据。
第十八条 重大项目的立项、审批情况应向科学基金委员会全委会报告。
第三章 计划实施与管理
第十九条 每个重大项目推选出以项目主持人为首的学术领导小组（一般５－７人组成，可聘请项目组以外的专家参加）。其主要职责是：负责研究计划实施的组织和协调；发挥学术上的指导作用；推动国内外学术交流与合作研究等。
