第六条 重大项目按统一规划，分批立项，指南引导，定向申请，同行评议，逐项论证，动态管理，专家验收等方式实施管理。
第七条 重大项目的立项审批工作贯彻“依靠专家、发扬民主、择优支持、公正合理”原则。在立项、评审、验收各工作环节严格执行科学基金委员会的回避制度和保密规定。
第二章 立项、申请、评审与批准
第八条 科学基金委员会科学部（以下简称科学部）根据国家基础性研究发展规划、《国家自然科学基金“九五”优先资助领域》以及科学家和有关部委提出的重大项目建议，提出本学部组织的重大项目立项领域建议（简称立项建议）。
第九条 跨科学部重大项目，由有关科学部根据下达的指标联合提出立项建议，经扩大委务会议（邀请高层次科学家和管理专家参加）差额遴选立项。成立由主管科学部与相关科学部组成的协调小组，负责项目立项的后续工作和组织实施。
第十条 有关科学部按项目填写《国家自然科学基金重大项目立项意见》，拟定项目申请指南初稿，经委务会议逐项审议立项。
第十一条 公开向科学界发布《国家自然科学基金重大项目申请指南》，其内容包括：支持的研究领域、主要研究方向、资助经费额度和受理申请的科学部等。
第十二条 凡有能力、有条件承担重大项目的在职科技人员均可根据重大项目申请指南提出申请。项目申请者及具有高级专业技术职称参与申请的其他成员，每次只能参加一个重大项目的申请。在研重大、重点项目的主持人、课题负责人及项目组具有高级职称的主要成员，需在该项目验收结题后方可申请新的重大项目。科学基金委员会鼓励科学界在开展学术研讨的基础上，联合组织重大项目的申请，项目申请填写《国家自然科学基金重大项目联合申请书》及所含课题申请书。课题申请书及其填写要求与科学基金面上项目相同，只需封面左上角标明“重大项目”字样和所属重大项目名称。
已经验收结题的重大项目的项目、课题负责人，申请新的重大项目，需认真考核其前一个项目的完成情况。
