依托单位应当组织项目负责人按照资助通知书的要求填写项目计划书（一式两份），并在收到资助通知之日起20日内完成审核，提交自然科学基金委。
自然科学基金委应当自收到项目计划书之日起30日内审核项目计划书，并在核准后将其中1份返还依托单位。核准后的项目计划书作为项目实施、经费拨付、检查和结题的依据。
项目负责人除根据资助通知书要求对申请书内容进行调整外，不得对其他内容进行变更。
逾期未提交项目计划书且在规定期限内未说明理由的，视为放弃接受资助。
第二十六条 项目负责人应当按照项目计划书组织开展研究工作，做好资助项目实施情况的原始记录，填写项目年度进展报告。
依托单位应当审核项目年度进展报告并于次年1月15日前提交自然科学基金委。
第二十七条 自然科学基金委应当审查提交的项目年度进展报告。对未按时提交的，责令其在10日内提交，并视情节按有关规定处理。
第二十八条 合作研究项目实施过程中，一般不得变更依托单位，依托单位不得擅自变更项目负责人。
项目负责人有下列情形之一的，依托单位应当及时提出终止项目实施的申请，报自然科学基金委批准；自然科学基金委也可以直接作出终止项目实施的决定：
（一）不再是依托单位科学技术人员的；
（二）不能继续开展研究工作的；
（三）有剽窃他人科学研究成果或者在科学研究中有弄虚作假等行为的。
第二十九条 国外（地区）合作者不能继续开展合作研究的，项目负责人应当及时通知依托单位，依托单位应当提出终止项目实施的申请，报自然科学基金委批准；自然科学基金委也可以直接作出终止项目实施的决定。
第三十条 依托单位和项目负责人应当保证参与者的稳定。
参与者不得擅自增加或者退出。由于客观原因确实需要增加或者退出的，由项目负责人提出申请，经依托单位审核后报自然科学基金委批准。
新增加的参与者应当符合本办法第十一条的要求。退出的参与者1年内不得申请合作研究项目和自然科学基金委规定的其他相关类型项目。
