增值税一般纳税人丢失海关缴款书，应在本通知第二条规定期限内，凭报关地海关出具的相关已完税证明，向主管税务机关提出抵扣申请。主管税务机关受理申请后，应当进行审核，并将纳税人提供的海关缴款书电子数据纳入稽核系统进行比对。稽核比对无误后，方可允许计算进项税额抵扣。
五、本通知自2010年1月1日起执行。纳税人取得2009年12月31日以前开具的增值税扣税凭证，仍按原规定执行。
《
国家税务总局关于增值税一般纳税人取得防伪税控系统开具的增值税专用发票进项税额抵扣问题的通知》（国税发[2003]17号）第
一条、《
国家税务总局关于加强货物运输业税收征收管理的通知》（国税发[2003]121号）附件2《
运输发票增值税抵扣管理试行办法》第
五条、《
国家税务总局关于加强货物运输业税收征收管理有关问题的通知》（国税发明电[2003]55号）第
十条、《
国家税务总局关于加强海关进口增值税专用缴款书和废旧物资发票管理有关问题的通知》（国税函[2004]128号）附件1《
海关进口增值税专用缴款书稽核办法》第
三条、《
国家税务总局关于货物运输业若干税收问题的通知》（国税发[2004]88号）第
十条第（三）款、《
国家税务总局关于增值税一般纳税人取得海关进口增值税专用缴款书抵扣进项税额问题的通知》（国税发[2004]148号）第
二条、第
三条、第
四条、《
国家税务总局关于推行机动车销售统一发票税控系统有关工作的紧急通知》（国税发[2008]117号）第
五条、《
国家税务总局关于部分地区试行海关进口增值税专用缴款书“先比对后抵扣”管理办法的通知》（国税函[2009]83号）第
一条规定同时废止。
