受托的异地税务机关接到《增值税专用发票核查单》后要认真配合，组织力量深入查证生产经营、资金、货物的运转情况，根据核查结果填写《增值税专用发票核查单》的回执联经主管领导签字并加盖公章后，寄回委托方税务机关。受托方税务机关敷衍塞责，提供虚假情况的，一经查出，依法追究责任。
二、销项凭证的检查方法
（一）对纳税人购、用、存专用发票的情况进行核实，查阅购票证，清点结存票，与申报情况对照，查实专用发票的已用份数。
（二）将查实已用的专用发票所列款项与相关销售帐簿进行对照核实。
（三）将查实已用的专用发票所列税额与“应交税金”有关销项税金明细帐户对照核实。
（四）税务所代小规模企业开具的专用发票其存根联与记帐联应与有关增值税完税凭证对照核实，并由上一级主管税务机关组织检查。
第五条 专用发票的检查工作应按月进行，除国家税务总局另有要求外，每月检查户数不得低于增值税一般纳税人总户数的百分之五。有条件的地区尽力扩大稽核的覆盖面，以提高纳税人依法纳税的自觉程度。
第六条 稽核的对象要有计划、有选择地确定。即每月在稽核工作进行之前，应根据本地的实际情况制定出选户计划，其计划的确定，各地可参照一定时期纳税人申报的有关资料，结合行业的特点，逐步建立分行业的“销售／购入”正常比率及分行业的销售额（营业额）正常增长比率，凡偏离上述正常比率而又无正当理由的，应选作重点稽核的对象。
第七条 对专用发票稽核出的问题，属于销项税额的部分，稽核人员应逐笔填写《增值税专用发票（销项凭证）稽核检查记录》并取得纳税人签章后，提出处理意见，经税务机关主管领导的批准，即可向纳税人下达处理决定通知。
进项税额部分，凡属于专用发票抵扣联的，稽核人员应逐笔填写《增值税专用发票（进项凭证）稽核检查记录》；凡属于其他扣税凭证的，稽核人员应逐笔填写《增值税其他扣税凭证稽核检查记录》。对需要销售方所在地税务机关协查的，应逐联作出请求查证的标记，经主管税务机关领导的批准，按照第四条有关规定办理交叉稽核传递手续，待查证结果回复后，再行处理。
第八条 对检查出来的各种问题，各级税务机关要严格按照《
中华人民共和国发票管理办法》及《
增值税专用发票使用规定》的有关规定予以处理，对弄虚作假、利用专用发票骗取出口退税以及扣税、偷逃税款的，要按照《
中华人民共和国税收征收管理法》和全国人大常委会《关于惩治偷税抗税犯罪的补充规定》严格处理，对伪造、倒卖、盗窃发票等构成犯罪或构成违反治安管理条例行为的，应移送公、检、法机关依法处理。
