为积极履行司法保护职责，人民法院进一步加强了法院内部审判部门之间的沟通与协调，包括知识产权民事、刑事和行政审判部门之间的业务沟通与协调，以及知识产权审判部门与立案、执行、审判监督部门之间的工作衔接。履行司法保护职责，更离不开各有关职能部门和社会各界的支持、配合。鉴于我国知识产权执法的“双轨制”，人民法院主动加强了与相关知识产权行政执法部门的工作协调，加强了与公安、检察机关在知识产权刑事执法中的工作配合与相互制约，加强了同外事、商务、科技、信息产业、新闻、宣传等综合部门在知识产权保护工作中的信息沟通与相互协作。此外，在案件审理中发现企业、科研机构等在知识产权管理制度及其他环节上存在漏洞和缺陷的，及时提出司法建议，指导其健全制度，加强管理，堵塞漏洞，消除隐患，提高企业知识产权保护意识和技能。
四、知识产权司法保护透明度不断增强
人民法院在坚持依法公开开庭审理的同时，通过媒体、网络和出版物等形式及时向社会公开生效裁判和发布审判信息。2006年3月10日，最高人民法院正式开通了“中国知识产权裁判文书网”，为全国法院公开生效知识产权裁判文书提供了统一平台。同时，最高人民法院在全国建立了知识产权司法保护新闻发布制度，进一步加大了对社会关注案件和工作成就的宣传报道。通过大力宣传违法犯罪典型案例，知识产权司法保护的透明度不断增强，知识产权司法保护的社会影响进一步扩大。
五、知识产权审判机制不断完善
考虑到知识产权案件的专业性，为保证审理质量，最高人民法院对知识产权民事案件采取了相对集中审理的办法。一般的知识产权案件原则上由中级以上法院一审，对于专利、植物新品种和集成电路布图设计案件，只能由最高人民法院指定的中级法院一审，同时根据审判工作需要批准了21个基层法院审理部分知识产权民事案件。
六、法官职业化建设不断强化
目前全国各高级法院和许多中级法院以及具有知识产权民事案件管辖权的基层法院都设立了专门的知识产权审判庭，选配了一批政治素质较强、学历较高、审判经验较丰富的法官从事知识产权民事审判工作。据2006年统计，全国法院单设知识产权庭172个，专设知识产权合议庭140个，共有知识产权法官1667人。各级法院十分注重对知识产权法官的专业培训，入世5年以来，最高人民法院举办了8期共计有1035名法官参加的知识产权审判实务培训班，各高级法院也普遍举办了类似的培训班或专题研讨班，全国知识产权法官的司法水平和专业知识水平有了明显提高。知识产权法官队伍中涌现了以宋鱼水为典型代表的一大批优秀法官。
