第十二条 要建立项目进展情况报告制度，省级环保部门和财政部门每半年将项目进展情况报告环保总局和财政部，项目进展情况报告的内容包括项目建设进度、招投标情况、中央和地方资金到位情况、资金使用情况及项目管理措施等。
第十三条 专项资金项目建设内容一经审查确定，原则上不得调整。如确需调整的，必须按照规定程序报环保总局、财政部同意后方可执行。
第四章 项目竣工验收
第十四条 减排项目应按照计划在规定时间内建成并投入使用。
中央本级项目由环保总局和财政部组织验收，地方项目由省级环保部门和财政部门组织验收，并将项目验收结果及时报环保总局和财政部备案，环保总局和财政部进行抽查。
第十五条 项目实施单位要做好验收准备工作，要提交验收报告、整理归档项目资料、编制财务竣工决算、项目总结，提交试运行数据成果以及项目实施效益情况分析。
第十六条 项目验收要成立验收小组，验收小组应由环保、财政等相关部门代表及专家组成。验收小组要根据目标预算管理的要求，审阅工程档案、资料、财务决算报表，实地查验建设工程和设备安装运转情况，依据建设方案对工程质量、资金管理和使用情况、环境效益和社会效益等作出全面评价。对遗留问题提出具体的解决意见，限期整改。限期未完成整改或整改未达标的，按本办法第十九条处理。
第十七条 项目验收后的运行管理。
（一）“三大体系”能力建设项目
省级环保部门和财政部门应加强监督管理，保证设备正常运行和数据真实有效，使项目在污染减排核查工作中真正发挥效益，做到统一采集、公布国控重点污染源污染物排放总量，及时跟踪各地区和重点企业主要污染源污染物排放变化情况，以此考核区域污染减排责任落实情况。
（二）其他项目
由项目所在地环保部门负责日常监督管理，保证项目所建设施稳定运行，确保发挥长期减排效益。
第五章 项目检查和处罚
第十八条 环保总局和财政部将不定期地开展检查和考核，重点对项目实施情况和减排情况进行监督检查，加强项目绩效评估。
