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中奇公司、华盛公司、欧意公司不服该一审判决，向吉林省高级人民法院(简称二审法院)提起上诉。
二审法院审理查明，一审法院认定的事实属实。
二审法院认为，本案的争议焦点是：1．涉案专利是否是新产品制造方法发明专利；2．涉案专利权的保护范围是否延及中奇公司、华盛公司、欧意公司开发和生产的马来酸左旋氨氯地平及其片剂；3．中奇公司、华盛公司、欧意公司开发和生产被诉侵权产品所使用的方法是否与涉案专利方法相同或等同；4．一审法院委托鉴定的程序是否合法，鉴定结论是否正确，能否证明中奇公司、华盛公司、欧意公司侵权；5．本案是否应中止审理；6．中奇公司的研发行为是否构成侵权。
关于第一个焦点问题。根据国家食品药品监督管理局及其药品审评中心网页公布的有关“左旋氨氯地平”专利及法律状态的检索结果，目前国内市场上只有涉案专利实施企业吉林省天风制药有限责任公司 (简称天风公司)生产的苯磺酸左旋氨氯地平及其片剂，以及欧意公司生产的马来酸左旋氨氯地平及其片剂，除此之外没有其他的左旋氨氯地平药品，辉瑞公司的左旋氨氯地平产品也未在中国上市。中奇公司、华盛公司、欧意公司没有提供证据证明在利用涉案专利方法生产左旋氨氯地平之前，国内市场上已有其他企业生产和销售同类药品。因此，中奇公司、华盛公司、欧意公司关于涉案专利不属于新产品制造方法专利的主张缺乏事实和法律根据，不予支持。
关于第二个焦点问题。左旋氨氯地平作为一种化合物，本身并不能成为直接供消费者消费的产品。涉案专利为左旋氨氯地平的拆分方法，依照该方法不能直接得到产品，而左旋氨氯地平化合物与马来酸、苯磺酸等经过成盐工艺成为马来酸左旋氨氯地平、苯磺酸左旋氨氯地平后，才真正成为产品，所以上述产品应为依照左旋氨氯地平的拆分方法直接获得的产品。涉案专利能够延及中奇公司、华盛公司、欧意公司生产的马来酸左旋氨氯地平及其片剂。
关于第三、四个焦点问题。二审法院在二审中组织各方当事人以及鉴定人员到庭对鉴定结论进行了质询。除程序问题外，中奇公司、华盛公司、欧意公司还认为鉴定结论不科学，仅依照专利文件分离不出左旋氨氯地平是正常的，除专利文献外，还有许多技术诀窍和控制方法是专利文献中没有记载的。法源中心的答复意见是：1．法源中心具备药物方面的鉴定资质，中奇公司、华盛公司、欧意公司在一审时曾请求北京市司法局撤销鉴定结论，北京市司法局已书面答复异议不成立。2．鉴定人员具备相应的资格和专业能力，鉴定程序合法，送检材料已经过鉴定部门检验，并且用辉瑞公司的专利方法已成功拆分出左旋氨氯地平，说明设备状态稳定，人员操作正确。3．关于中奇公司、华盛公司、欧意公司提出的鉴定过程中仅使用40ml 2-丁酮的问题。法源中心解释为笔误，并出示了原始试验记录，证明当时加入的是60ml 2-丁酮。二审法院认为，1．法源中心是司法部和最高人民法院认可并公布的具有法医、药理、药物学等鉴定资质的鉴定机构，具有对药物、药理进行鉴定的资格，相关鉴定人员均为药物学、药理学的专家，具备鉴定资格。2．鉴定程序虽存在一些瑕疵，但为了减少当事人诉累，在不影响案件实体审理结果的前提下，可以在二审中采取措施对鉴定程序存在的问题进行补正，如果经过补正可以认定鉴定结论的合法性，则无需重新组织鉴定或发回重审，为此，二审法院组织各方当事人进行了调查和质疑：(1)关于一审法院委托鉴定时未通知中奇公司、华盛公司、欧意公司到庭。根据一审卷宗记载，中奇公司、华盛公司、欧意公司在第一次选择鉴定机构未果后，已给一审法院发函，明确表示不同意鉴定，并不是一审法院不通知其到庭。(2)关于送检材料。送检材料是张喜田购买的氨氯地平原料，由于该材料不是证据，不存在质证问题。送检材料虽未经双方确认，但鉴定部门为确保试验的公正性和科学性，已对送检材料进行了鉴定和确认，并且依照辉瑞公司的专利方法成功制得左旋氨氯地平。(3)关于申请回避问题。二审法院询问中奇公司、华盛公司、欧意公司是否申请鉴定人员回避，但中奇公司、华盛公司、欧意公司未提出具体的回避意见，仅认为属于程序瑕疵。3．关于鉴定结论。中奇公司、华盛公司、欧意公司认为不同的试验、不同的人以及对搅拌速度、温度的控制等都可能对试验结果产生影响，但未说明究竟是什么原因导致不能实现氨氯地平的拆分，如何才能实现氨氯地平的拆分。鉴定人员都是本领域的专家，显然具备相应的专业知识和操作技能，其按中奇公司、华盛公司、欧意公司提供的专利方法不能实现拆分出左旋氨氯地平的目的，中奇公司、华盛公司、欧意公司未能提供充分的证据证明其产品制造方法不同于涉案专利方法，应承担举证不能的责任。
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