本案一审的争议焦点为：一、原告里下河农科所诉讼主体资格是否适格；二、被告天补公司的销售行为是否侵犯原告享有的植物新品种权。
南京市中级人民法院一审认为：
一、根据相关法律规定，植物新品种权所有人或者利害关系人认为植物新品种权受到侵犯的，可以依法向人民法院提起诉讼。原告里下河农科所与南京农业大学是“扬麦11号”共同品种权人，南京农业大学明确授权原告以自己的名义对外行使权利并获得收益，故其有权行使“扬麦11号”的植物新品种权。同时，原告是“扬麦13号”、“扬麦16号”的品种权人，有权行使上述二项植物新品种权。原告虽将涉案植物新品种权独占许可金土地公司实施，但原告作为涉案植物新品种权人，认为植物新品种权受到侵犯时，有权作为权利人行使诉讼权利。即使授予金土地公司独占许可权，亦不影响原告作为植物新品种权利人行使诉讼权利。综上，原告具备诉讼主体资格，被告天补公司关于原告不是本案适格主体和原告授权金土地公司独占许可权后自身权利已终止的抗辩理由缺乏事实和法律依据，不予采纳。
二、被告天补公司的购销行为未侵犯原告里下河农科所享有的涉案植物新品种权。我国《
植物新品种保护条例》第
六条规定：“完成育种的单位或者个人对其授权品种，享有排他的独占权。任何单位或者个人未经品种权所有人许可，不得为商业目的生产或者销售该授权品种的繁殖材料，不得为商业目的将该授权品种的繁殖材料重复使用于生产另一品种的繁殖材料；但是，本条例另有规定的除外。”此条款的立法目的仅在于保护植物新品种权人对该品种首次生产、销售的行为。即植物新品种权人有生产、销售或授权他人生产、销售授权品种的繁殖材料的权利，同时也有禁止他人未经许可，以商业目的进行生产、销售的权利。对于经植物新品种权人或经其许可的授权人生产和销售的植物新品种的繁殖材料，由于系合法进入流通领域，按照知识产权法“权利用尽原理”，植物新品种权人将其生产或者许可他人生产的授权品种和繁殖材料投放市场后，其专有销售权即告“用尽”，他人在市场上合法取得作为商品的授权品种繁殖材料后再行销售或者使用则不构成侵权。根据本案事实，被告从如东县种子公司等处购进的“扬麦11号”、“扬麦13号”、“扬麦16号”麦种系原告许可他人经销的专版包装麦种，来源合法。另根据《
中华人民共和国种子法》第
二十九条第二款关于“种子经营者专门经营不再分装的包装种子的或者受具有种子经营许可证的种子经营者以书面委托代销其种子的，可以不办理种子经营许可证”的规定，被告的未再分装销售种子行为并不违反法律规定。故被告关于自己具有合法资质、可以从事相关种子购销活动的抗辩理由应予采信。被告在市场上合法取得“扬麦11号”、“扬麦13号”、“扬麦16号”麦种并再行销售的行为，不受植物新品种权所产生的禁止权制约，被告的上述行为没有侵犯原告享有的植物新品种权，原告的诉讼请求无事实和法律依据，不予支持。
