其次，根据
《物权法》第
十五条的规定，当事人之间订立有关设立、变更、转让和消灭不动产物权的合同，除法律另有规定或者合同另有约定外，自合同成立时生效；未办理物权登记的，不影响合同效力。该规定确定了不动产物权变动的原因与结果相区分的原则。物权转让行为不能成就，并不必然导致物权转让的原因即债权合同无效。双方签订的《联合开发协议》及《补充协议》作为讼争土地使用权转让的原因行为，是一种债权形成行为，并非该块土地使用权转让的物权变动行为。相关法律关于未经通知抵押权人而导致物权转让行为无效的规定，其效力不应及于物权变动行为的原因行为。因为当事人可以在合同约定中完善物权转让的条件，使其转让行为符合法律规定。本案即属此种情形。
综上，双方当事人签订的《联合开发协议》未违反法律强制性规定，应为有效合同。一审判决对此问题的认定适用法律不当，应予纠正。
(二)索特公司是否应向新万基公司支付违约金。一审判决根据双方签订的《联合开发协议》及《补充协议》约定的权利义务内容，确定双方的协议为土地使用权转让协议，此认定事实清楚，适用法律正确，双方当事人亦无异议，本院予以确认。土地使用权转让协议作为一项双务合同，要求出让方首先提供具有使用权无瑕疵的土地，受让方依约支付转让款。双方的《联合开发协议》第一条即明确了该转让土地已被抵押，且约定索特公司履行解除抵押的义务。该条约定表明，索特公司作为土地使用权的转让方具有消除转让土地上所存权利瑕疵的义务。双方在随后签订的《补充协议》中对履行各自义务的时间作出了约定，即以双方共同确定的《金三峡花园联合开发项目开发进度表》作为双方履行义务的时间表。新万基公司依《补充协议》的约定，于 2005年12月5日向索特公司提交了《金三峡花园联合开发项目开发进度表》，要求索特公司解除转让土地上的抵押，索特公司未予回复。索特公司此举违反了《联合开发协议》第一条关于双方共同确定项目开发进度表的义务性规定，未能按协议约定适时解除转让土地上设定的抵押，提供无权利瑕疵的土地，此种消极不履行合同的行为，已构成违约。索特公司的沉默行为，引起新万基公司对合同继续履行的正当信赖，导致新万基公司与中冶赛迪工程技术股份有限公司等第三方签订了工程设计等一系列与项目开发实施行为有关的合同。在此情况下，索特公司提起诉讼请求解除《联合开发合同》及《补充协议》，根据
《合同法》第
一百零八条规定，应认定其构成根本违约。索特公司辩称，索特公司未能解除抵押的原因是由于新万基公司未能支付转让款，致使其无资金解除抵押。根据《联合开发协议》第四条索特公司的承诺，索特公司应以其自有资金履行解除抵押权义务，而不是以新万基公司先行支付转让款为条件，因此，索特公司的抗辩理由不成立。综上，结合涉案土地已经大幅升值的实际情况，以及双方在土地使用权转让过程中的利益平衡，索特公司应按《联合开发协议》第十条的约定承担违约责任。依据该条约定，索特公司根本违约，应按照新万基公司总投资额的30％支付违约金。由于双方签订的《联合开发协议》实为土地使用权转让协议，故应将该条约定的“总投资额”变更为合同约定的转让款的数额，以之作为确定违约责任的计算依据。根据《补充协议》的约定，双方确定的索特公司转让土地使用权的应得收益为10 360万元(280亩× 37万／亩)，新万基公司应负担的索特公司办公楼装修款3100万元；作为土地使用权转让的对价，两项共计13 460万元。以此计算，索特公司应向新万基公司承担4038万元的违约金。新万基公司以其计划开发投入的总投资数额为依据主张索特公司应给付6000万元违约金的请求，系以合作开发为前提，与本案事实不符，本院不予支持。鉴于新万基公司认为索特公司不履行合同义务已构成根本违约，本院对此也予以确认，且索特公司在一审诉讼中请求解除双方所签订的合同，故双方签订的《联合开发协议》及其《补充协议》应予解除。新万基公司在诉讼中提出，为履行协议实际支付了相关费用，要求本院予以确认；由于此项主张并非其一审的诉讼请求，且索特公司应支付的违约金已超出了该项请求，本院二审对该项主张不予支持。
