最高人民法院《关于民事诉讼证据的若干规定》第
七十五条规定：“有证据证明一方当事人持有证据无正当理由拒不提供，如果对方当事人主张该证据的内容不利于证据持有人，可以推定该主张成立。”在上诉人石鸿林提供了初步证据证明其诉讼主张的情形下，完全可以证明被上诉人华仁公司持有但拒不提供的源程序的内容不利于华仁公司，经法院反复释明，华仁公司最终仍不提供被控侵权的HR-Z软件源程序以供比对，故依法应当承担举证不能的不利后果。
综上，在被上诉人华仁公司持有被控侵权的HR-Z软件源程序且无正当理由拒不提供的情形下，根据现有证据，可以认定被控侵权的HR-Z软件与上诉人石鸿林的 S系列软件构成实质相同，华仁公司侵犯了石鸿林S系列软件著作权。
《
中华人民共和国著作权法》第
四十八条规定，“侵犯著作权或者与著作权有关的权利的，侵权人应当按照权利人的实际损失给予赔偿；实际损失难以计算的，可以按照侵权人的违法所得给予赔偿。赔偿数额还应当包括权利人为制止侵权行为所支付的合理开支。权利人的实际损失或者侵权人的违法所得不能确定的，由人民法院根据侵权行为的情节，判决给予五十万元以下的赔偿。”本案中，上诉人石鸿林在一审诉讼中支付的诉讼代理费8000元、公证保全费用1200元，属于其为制止侵权行为所支付的合理开支，应予支持。因石鸿林并未举证证明其所受实际损失及被上诉人华仁公司侵权获利的准确数额，据此，法院根据华仁公司侵权行为的情节、侵权行为持续的时间、石鸿林为制止侵权行为所支付的合理开支等因素，酌情确定赔偿数额为 79 200元。因华仁公司侵权行为成立，本案二审鉴定费用21 282元也应由华仁公司负担。
被上诉人华仁公司二审答辩要求判令上诉人石鸿林赔偿被上诉人的经济损失，被上诉人一审并未提出反诉，二审请求上诉人赔偿损失不符合法律规定，不予支持。
综上，上诉人石鸿林的上诉理由成立，应予支持。一审判决认定事实基本清楚，但上诉人在二审中提交了新的证据，二审依据新证据查明了新的案件事实，应当在查清事实的基础上予以改判。江苏省高级人民法院依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百五十三条第一款第(三)项之规定，于2007年12月17日判决：
一、撤销江苏省泰州市中级人民法院 (2006)泰民三初字第2号民事判决；二、被上诉人华仁公司立即停止生产、销售侵犯上诉人石鸿林S型线切割机床单片机控制器系统软件V1．0著作权的产品；三、华仁公司于本判决生效之日起10日内赔偿石鸿林经济损失79 200元。四、驳回石鸿林的其他诉讼请求。
