本案二审的争议焦点是：一、被上诉人华仁公司是否侵犯了上诉人石鸿林的涉案计算机软件著作权；二、如果华仁公司构成侵权，应如何承担民事责任。
江苏省高级人民法院二审认为：
本案的核心问题在于比对涉案HR-Z型控制器计算机软件是否侵犯上诉人石鸿林享有著作权的S系列软件著作权。鉴于被上诉人华仁公司无正当理由拒绝提供软件源程序以供直接比对，因此石鸿林有关比对双方软件是否存在共同缺陷及运行特征的请求应予采纳。根据本案二审查明的事实，上诉人提供的HX-Z软件属于其对 S系列软件的改版，而根据中国版权保护中心版权鉴定委员会作出的HX-Z软件源程序与S系列软件源程序实质性相同的鉴定结论，可以证明这两个系统软件本身也构成实质性相同，故HX-Z软件源程序可以作为石鸿林主张著作权的依据与被控侵权的HR-Z软件进行比对。
最高人民法院《关于民事诉讼证据的若干规定》第
二条第一款规定：“当事人对自己提出的诉讼请求所依据的事实或者反驳对方诉讼请求所依据的事实有责任提供证据加以证明。”上诉人石鸿林主张被上诉人华仁公司侵犯其“S型线切割机床单片机控制器系统软件V1．0”著作权，应当举证证明双方计算机软件之间构成相同或实质性相同。要证明这一点，需要比对双方计算机软件的源程序或目标程序之间构成相同或实质性相同。根据本案查明的事实， HR-Z软件的目标程序系加载于HR-Z型控制器中的内置芯片上，由于该芯片属于加密芯片，因此也无法从芯片中读出HR- Z软件的目标程序，并进而反向编译出源程序。因此，依靠现有技术手段无法从 HR-Z型控制器中获得HR-Z软件源程序或目标程序。而由于被控侵权的HR-Z软件的源程序及目标程序由华仁公司持有并一直拒绝向法院提供，因此石鸿林实际无法提供HR-Z软件的源程序或目标程序以供直接对比。
根据本案查明的事实，运行安装HX- Z软件的HX-Z型控制器和安装HR-Z软件的HR-Z型控制器，即可发现二者存在如下相同的系统软件缺陷情况：(1)二控制器连续加工程序段超过2048条后，均出现无法正常执行的情况；(2)在加工完整的一段程序后只让自动报警两声以下即按任意键关闭报警时，在下一次加工过程中加工回复线之前自动暂停后，二控制器均有偶然出现蜂鸣器响声2声的现象。运行安装 HX-Z软件的HX-Z型控制器和安装HR- Z软件的HR-Z型控制器，二者在加电运行时存在相同的特征性情况。HX-Z和 HR-Z型控制器的使用说明书基本相同。两者对控制器功能的描述及技术指标基本相同；两者对使用操作的说明基本相同；两者在段落编排方式和多数语句的使用上基本相同。HX-Z和HR-Z型控制器的整体外观和布局基本相同，主要包括面板、键盘的总体布局基本相同等。
根据计算机软件设计的一般性原理，在独立完成设计的情况下，不同软件之间出现相同的软件缺陷机率极小，而如果软件之间存在共同的软件缺陷，则软件之间的源程序相同的概率较大。同时结合HX- Z和HR-Z型控制器两者在加电运行时存在相同的特征性情况、HX-Z和HR-Z型控制器的使用说明书基本相同、HX-Z和 HR-Z型控制器的整体外观和布局基本相同等相关事实，上诉人石鸿林提供的现有证据能够初步证明HX-Z和HR-Z软件构成实质相同。同时，由于HX-Z软件是石鸿林对其S系列软件的改版，且HX-Z软件与S系列软件实质相同。因此，石鸿林提供的现有证据亦能够初步证明被控侵权的 HR-Z软件与石鸿林的S系列软件亦构成实质相同。
