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上诉人石鸿林二审提交以下证据：
宁波市海曙松发电子有限公司(以下简称海曙公司)生产的HX-Z型微机线切割锥度控制器实物(以下简称HX-Z型控制器)及使用说明书一份、上诉人石鸿林与海曙公司签订的技术协议、海曙公司及其法定代表人出具的证明和证词、货物快递运单及汇款凭证。用以证明HX-Z型控制器系统软件，系应海曙公司的要求对其原有享有著作权的S系列软件进行改版，也是由上诉人开发完成的。将HX-Z型控制器与被控侵权产品比较，两者的使用说明书、整机外观及布局完全相同或相似；具体操作使用存在相同之处；具有相同的软件特征缺陷和漏洞错误，两者的软件代码序列基本相同，被上诉人华仁公司侵犯了上诉人的软件著作权。
被上诉人华仁公司辩称：首先，被上诉人没有义务提供源程序，源程序是企业最大的商业秘密，一旦提供就需要经过多个专家对比，难免不造成泄密，而且上诉人石鸿林对由此造成的损失拒绝赔偿，因此，被上诉人不同意提供源程序。其次，关于上诉人反复提到的相似性问题，一方面，上诉人、被上诉人双方产品的按键数量并不一致。另一方面，由于目前比较流行的线切割机软件都是用3B代码进行编程的，故操作显示界面存在若干相似之处是正常的。综上，请求驳回上诉，维持原判，并判令上诉人赔偿被上诉人的经济损失。
江苏省高级人民法院经二审，确认了一审查明的主要事实。另查明：根据上诉人石鸿林在二审中提出的申请，法院准许上诉人、被上诉人华仁公司双方当事人共同指定中国版权保护中心版权鉴定委员会就以下事项进行技术鉴定：1．石鸿林提供的 HX-Z软件源程序与石鸿林享有著作权的 S系列软件源程序是否相同或实质性相同；2．HX-Z软件与被控侵权的HR-Z软件是否具有相同的软件缺陷及运行特征。中国版权保护中心版权鉴定委员会于 2007年11月28日出具鉴定报告，结论为：1．石鸿林享有著作权的S系列软件源程序与石鸿林二审提供的HX-Z软件源程序实质性相同。2．通过运行石鸿林二审提供HX-Z型控制器和被控侵权的HR-Z型控制器，发现二者在加电运行时存在相同的特征性情况。3．通过运行上述二控制器，发现二者存在如下相同的缺陷情况：(1)二控制器连续加工程序段超过2048条后，均出现无法正常执行的情况；(2)在加工完整的一段程序后只让自动报警两声以下即按任意键关闭报警时，在下一次加工过程中加工回复线之前自动暂停后，二控制器均有偶然出现蜂呜器响声2声的现象。
上诉人石鸿林二审提供的HX-Z型控制器和被控侵权的HR-Z型控制器的使用说明书基本相同。两者对控制器功能的描述及技术指标基本相同；两者对使用操作的说明基本相同；两者在段落编排方式和多数语句的使用上基本相同。
上诉人石鸿林在一、二审中支付的合理费用为9200元，二审鉴定费用为21 282元，一审认定事实中，对部分费用的计算有误，二审予以纠正。
本案二审期间，上诉人石鸿林明确表示放弃要求被上诉人华仁公司公开赔礼道歉的诉讼请求。华仁公司一直未能提供被控侵权的HR-Z软件的源程序以供比对。
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