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2005年12月20日，原告石鸿林向江苏省泰州市海陵区公证处申请证据公证保全。当日，公证机关对原告以660元价格向被告华仁公司购买HR-Z线切割机床数控控制器(单板机)一台，并取得被告公司销售发票(No：00550751)的购买过程制作了保全公证工作记录、拍摄了所购控制器及其使用说明书、外包装的照片8张，并对该控制器进行了封存。同日，公证机关出具 (2005)泰海证民内字第1146号公证书一份。此次公证保全费用为1000元。
原告石鸿林向法院申请对泰州市海陵区公证处公证保全的HR-Z线切割机床控制器内置软件进行鉴定。被告华仁公司否认相关侵权事实，并拒绝提供其控制器软件源程序，原告遂提供其在国家版权局登记备案的软件源程序，申请对其与公证保全的控制器软件源程序进行比对鉴定。因双方对鉴定机构的选择未能协商一致，泰州市中级人民法院依职权指定江苏省科技咨询中心(以下简称科咨中心)对涉案软件程序进行技术鉴定。鉴定事项为：1．原告在本案中提供的软件源程序与其在国家版权局版权登记备案的软件源程序的同一性； 2．公证保全的被告HR-Z线切割机床控制器系统软件与原告获得版权登记的软件源程序代码相似性或者相同性。科咨中心在鉴定中发现，被告对固化软件的芯片采取了加密措施，遂征询法院请被告提供解密方法，被告以自己也不具备硬件解密方法为由拒绝提供。2006年8月17日，科咨中心出具鉴定工作报告。该鉴定意见为：“因华仁公司的软件主要固化在美国ATMEL公司的AT89F51和菲利普公司的P89C58两块芯片上，而代号为“AT89F51”的芯片是一块带自加密的微控制器，必须首先破解它的加密系统，才能读取固化其中的软件代码。为解决芯片解密程序问题，鉴定机构咨询了有关专家，形成两种意见：一种观点认为，通过芯片解密读取软件二进制代码，再反汇编出软件源代码的方法难以实现；另一种观点认为：可作为一个专门的课题，但需要较长的时间和一定的经费投入，但即便解密成功，通过芯片解密得到的二进制代码，再反汇编出的软件源代码与被解密的软件实际的源代码会有一定差异，这种差异的范围有多大，难以估计；同时，芯片解密本身的合法性也是一个问题。综上，根据现有鉴定材料难以作出客观、科学的鉴定结论。”泰州市中级人民法院将上述鉴定工作报告送达原、被告双方，双方对鉴定报告的内容均无异议。
2006年11月6日，原告石鸿林提出再次鉴定申请，主要内容是：由原告提供一份软件源代码和源程序与其在国家版权局登记的“S型线切割机床单片机控制器系统软件”作版本相似或相同性鉴定，再将其提供的软件与公证保全的被告华仁公司的线切割机床数控控制器软件进行功能相同性或一致性鉴定，以证明被告侵权。被告认为，原告本案所提供软件的功能已与其获得版权登记的软件不一致，而且软件源程序的同一性鉴定与软件功能性鉴定是两回事，实现一种功能的方法可以有多种方式，请求人民法院驳回其申请。因为源程序是企业最大的商业秘密，一旦提供就需要经过多个专家对比，难免不造成泄密，所以如果原告对被告因提供软件源程序而导致其程序公开或泄密所造成的损失，承诺按照原告诉状上经济损失的计算方法予以赔偿，被告可以提供其源程序。该建议遭原告拒绝。被告遂以无提供源程序义务为由而拒绝提供。
本案一审的争议焦点是：被告华仁公司生产、销售主板及控制器的内置软件是否侵犯原告石鸿林的S型线切割机床单片机控制器系统软件V1．0的著作权。
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