(二)关于《补充协议》的效力问题。太重公司认为《补充协议》合法有效。嘉和泰公司认为《补充协议》同样是效力瑕疵合同，已被《转让合同》取代。一审法院认为，双方在《协议书》的基础上，签订《补充协议》，对土地增值税、流转税的金额及履行方式等进行了明确约定，其内容与《协议书》内容并不冲突，与《协议书》的内容共同构成完整的合同内容，二者是同一的关系。根据《
中华人民共和国合同法》第
六十一条规定，该《补充协议》的内容是对《协议书》内容的补充。可以确认《补充协议》与《协议书》具有相同的法律效力。
(三)关于《转让合同》的效力问题。太重公司认为《转让合同》也是合法有效的。嘉和泰公司认为《转让合同》是唯一有效合同。一审法院认为，(1)《转让合同》第7条约定的土地转让价格5255．08万元，是国土局的评估价格，是国家土地管理部门对土地交易双方成交价格进行间接调控和引导的最低限价，并非双方达成合意的表示。 (2)《转让合同》约定的价格不符合客观事实，按照《转让合同》约定，该宗土地价格为 5255．08万元，土地增值税由太重公司承担，相关税费没有约定，按规定由太重公司承担。则太重公司在取得5255．08万元收入时，需向国家交纳土地出让金1417．97万元，需向国家交纳土地增值税及其他相关税费，还要负责拆迁、安置，且该宗土地上建筑物评估价为1041．2171万元。显然，太重公司以5255．08万元转让该宗土地与客观事实和真实合意不符。(3)按照《转让合同》约定的价款5255．08万元，嘉和泰公司的支付有悖常理。嘉和泰公司在已支付 3300万元前提下，只应向太重公司支付 1955．08万元。但嘉和泰公司于2003年1月20日支付了2000万元，在取得土地使用证，认为已超额支付的情况下，又于 2005年1月5日、8月19日、8月29日、9月22日四次向太重公司共付款330万元，显然与常理不符。(4)《转让合同》约定的重要条款形同虚设。《转让合同》第8条约定：太重公司同意按原出让合同规定向国家交纳土地增值税。但原出让合同中并无交纳土地增值税的约定。(5)《转让合同》没有约定土地交付、价款支付、违约责任、纠纷解决方式等内容，不具备土地使用权转让合同的必要条款，不符合一般的交易习惯。 (6)按照《协议书》第四条3约定：太重公司土地出让完毕，且已取得国有出让土地使用权后，与嘉和泰公司签订该土地使用权转让合同(按土地局规定文本)，此合同一经土地局批准十日内，即由嘉和泰公司向太重公司支付剩余的土地补偿金，太重公司收到土地补偿金后，将土地证及已批准的土地使用权转让协议交由嘉和泰公司办理过户手续。《协议书》第三条8约定：出让费标准为太重公司在政策中能享受到的最优惠的价格标准。显然双方存在合理减少土地转让费的合意。由此可以推断，《转让合同》是按照土地局规定文本，为履行土地局的批准手续而作出的。双方将转让价格约定为5255．08万元，是为了少报纳税金额，而非变更原约定的转让价格。因此，《转让合同》中关于转让价格及土地增值税的约定并非双方当事人真实意思表示，该类条款只会使国家税款减少，因此该类条款应认定无效。其余条款与以前协议内容基本竞合，是双方当事人的真实意思表示，且经土地管理部门审查，并作了土地权属变更登记，双方已实际履行，为有效条款。
(四)关于嘉和泰公司已付价款数额的确定问题、税金问题及违约金问题。
(1)嘉和泰公司已付土地补偿金数额的问题。太重公司和嘉和泰公司对已付款有两个问题意见不同：一是承兑汇票。太重公司认为2002年4月2日2000万元和8月12日1000万元承兑汇票应当扣除贴现利息；嘉和泰公司认为应以收款金额和收据金额为准。一审法院认为，在双方未就付款方式作出明确约定情况下，嘉和泰公司以承兑汇票方式付款并无不妥，太重公司收取承兑汇票后也没有提出异议。对太重公司扣除贴现利息的主张不予支持。二是国土资源局收取的386．72万元土地出让金。嘉和泰公司认为其向国土资源局交纳的386．72万元出让金应计入太重公司收取的土地补偿金数额。一审法院认为，太重公司出售该地，实际就是要取得 94万元／亩，合计6058．3万元的土地补偿金收益，其他一切费用均由嘉和泰公司支付。《协议书》第三条9约定：太重公司土地出让手续办理完毕且嘉和泰公司已支付全部土地补偿金后，太重公司即为嘉和泰公司办理土地使用权转让手续，转让费由嘉和泰公司承担。因此，该笔出让金不应算在太重公司收取的补偿金中。
