2006年8月7日，太重公司向一审法院递交补充诉状，称根据太重公司与嘉和泰公司签订的《转让合同》，嘉和泰公司还另外拖欠太重公司土地转让金5255．08万元没有支付。因此增加诉讼请求，请求依法判令嘉和泰公司立即支付土地出让金 5255．08万元并承担全部诉讼费用。
嘉和泰公司辩称，嘉和泰公司不欠太重公司任何款项，太重公司的诉讼请求应被驳回。(1)太重公司主张的“土地补偿金”与“土地转让金”是转让同一地块的不同阶段的称谓，其实质是土地转让价。2002年3月26日，双方签订《协议书》时土地性质为划拨土地，且协议的名义是合作开发，故使用“补偿金”这一名词，实质是土地使用权转让合同。2002年12月，双方就该地块重新签订了《转让合同》，并经政府批准。该合同是最终确定土地使用权转让法律关系的合法文件，转让价格为5255．08万元。嘉和泰公司已超额支付土地转让款，不存在欠款一说。(2)嘉和泰公司不欠太重公司任何税费。《转让合同》中没有约定由嘉和泰公司负担相关税费，且在该合同第八条明确约定增值税由太重公司负担。(3)嘉和泰公司不欠太重公司任何款，太重公司无权主张所谓的违约金。
一审法院认为，双方当事人争议的主要焦点是：(一)《协议书》的效力问题；(二)《补充协议》的效力问题；(三)《转让合同》的效力问题；(四)嘉和泰公司已付价款数额的确定问题、税金问题及违约金问题。
(一)关于《协议书》的效力问题。一审法院从三个方面分析《协议书》的效力：1．《协议书》的性质。太重公司认为《协议书》约定的土地补偿金，系用于地上房屋拆迁、职工安置、工厂搬迁及地上建筑物补偿等，与《转让合同》约定的土地转让金，是两个概念，无法替代。嘉和泰公司认为《协议书》名为合作开发，实际是不同时期转让土地使用权的同一称谓，《协议书》的实质为土地使用权转让合同。一审法院认为，《协议书》的性质是土地使用权转让合同。就《协议书》内容看，主要是约定嘉和泰公司为取得该宗土地使用权，向太重公司支付94万元／亩的补偿金。并非以提供土地使用权、资金等作为共同投资，共同经营，共享利润、共担风险合作开发为基本内容。根据
最高人民法院《关于审理涉及国有土地使用权合同纠纷案件适用法律问题的解释》第
二十四条规定，应当认定为土地使用权转让合同。2．《协议书》、《补充协议》和《转让合同》的关系。太重公司认为《协议书》涉及土地的拆迁、安置、办理出让手续等内容；《补充协议》涉及税费承担问题；《转让合同》仅是土地使用权的转让。三者之间不存在矛盾，《转让合同》不能取代《协议书》和《补充协议》。嘉和泰公司认为《协议书》和《补充协议》实质是不具合同效力的土地使用权转让合同，最终被《转让合同》取代。一审法院认为，从形式上讲，《协议书》和《补充协议》是未经备案登记、仅由双方持有的合同。《转让合同》是经过备案登记的合同。从内容上讲，《协议书》和《补充协议》约定转让土地补偿金94万元／亩，共6058．3万元，土地增值税及相关税费由嘉和泰公司承担。《转让合同》约定土地转让金为每平方米1223元，共5255．08万元，土地增值税由太重公司承担。《协议书》约定的权利、义务，付款方式、违约责任、争议解决方式等条款，在《转让合同》中没有条款约定或者说明。二者是针对同一标的所签订的形式不同、内容也不尽相同的两份合同。虽然都有转让的真实意思表示，但《协议书》是真实履行的合同，而《转让合同》只是用于办理过户之用。3．《协议书》的效力问题。太重公司认为《协议书》是双方真实意思表示，不违反国家法律法规，是合法有效的合同。嘉和泰公司认为《协议书》是转让划拨土地，违反《
中华人民共和国城市房地产管理法》第
三十九条规定，是效力瑕疵合同，被《转让合同》取代。一审法院认为，《协议书》是双方当事人真实的意思表示，也是实际真正履行的合同。《协议书》和《转让合同》是对同一标的所签的先后两份合同，但后签订的《转让合同》并不当然取代《协议书》。因为：一是《转让合同》未废止《协议书》及《协议书》中约定的补偿金条款，也未约定《协议书》与《转让合同》相抵触的部分无效；二是《协议书》和《补充协议》约定了包括拆迁、安置、履行期限、履行方式、违约责任承担、纠纷解决方式等内容，《转让合同》不具备该类交易行为所签合同的必要条款。依照《
中华人民共和国合同法》第
七十八条规定，应推定为未变更。三是《协议书》不违反国家法律、法规。太重公司与嘉和泰公司签订《协议书》时，该土地为划拨用地，但双方在履行合同过程中，在经政府管理部门批准后，该划拨用地使用权已转化为出让土地使用权，不存在《
中华人民共和国合同法》第
五十二条规定的合同无效的任何一种情形。根据
最高人民法院《关于审理涉及国有土地使用权合同纠纷案件适用法律问题的解释》第
十一条规定，《协议书》应认定为合法有效。
