呼和浩特市中级人民法院认为：
关于鉴定方法。对植物品种采用何种方法鉴定，目前我国还没有明确的法律规定，本案采用的DNA指纹技术、酯酶同工酶等电聚焦电泳和蛋白质电泳三种方法，是目前科学、先进的鉴定方法，其结论具有权威性，并且鉴定时间短，能够保证诉讼效率的需要。而田间种植虽然是鉴定种子的常规方法之一，但需要的时间长、成本高、受其他因素影响的几率也大。故莱州农科所关于采用田间种植方法进行鉴定的要求，不予采纳。
关于登海9号的父本DH8723—2是否侵犯被告莱州农科所的品种权问题。莱州农科所在答辩中，虽然提出这一意见，但既不提交H8723的品种权授权证书，又不提交汇元53号玉米杂交种是被审定品种的证明，故该理由不能成立。
关于被告莱州农科所的育种行为是否属于正常的科研活动。依据
《植物新品种保护条例》第
十条的规定，只有在利用授权品种进行育种及其他科研活动，或者是农民自繁自用授权品种的繁殖材料时，可以不经品种权人许可、不向其支付使用费而使用授权品种，但不得侵犯品种权人享有的其他权利。经查证，莱州农科所是在领取《主要农作物种子生产许可证》、签订《农作物种子预约生产合同》后在山头村繁殖玉米杂交种，其行为显然是要生产种子，而非科研活动。莱州农科所认为其行为属正常科研活动的辩解理由，不能成立。
《植物新品种保护条例》第
六条规定：“完成育种的单位或者个人对其授权品种，享有排他的独占权。任何单位或者个人未经品种权所有人(以下称品种权人)许可，不得为商业目的生产或者销售该授权品种的繁殖材料，不得为商业目的将该授权品种的繁殖材料重复使用于生产另一品种的繁殖材料；但是，本条例另有规定的除外。”第九条规定：“植物新品种的申请权和品种权可以依法转让。”原告登海公司虽然不是完成育种的单位，但按照上述规定，其具有登海9号玉米杂交种品种权人资格，对依法受让的登海9号玉米杂交植物新品种享有排他的独占权。任何单位或者个人未经登海公司许可，不得为商业目的生产或者销售登海9号玉米杂交种的繁殖材料。被告莱州农科所以掖单53号名义生产的玉米种子，经鉴定证实是登海9号玉米杂交种的繁殖材料。莱州农科所未经品种权人许可，大规模种植与受到保护的植物品种完全相同和该品种的非遗传性变异的作物，其目的不是进行科研活动。莱州农科所虽主张其种植的作物是新的植物品种，但不能证实。莱州农科所的行为侵犯了登海公司的植物新品种权，应承担侵权的法律责任。登海公司起诉请求莱州农科所立即停止侵权，销毁侵权品种，公开赔礼道歉并赔偿经济损失，应当支持。登海公司请求赔偿的利润损失，符合法律规定和本案事实，应予确认；请求赔偿的制止侵权所需费用，证据不足，不予支持。
