签订合同后，实业公司于１９９２年１１月２日向木材总厂付款２０万元，１９９３年５月１８日付款１０万元，５月２９日付款４０万元，６月２５日付款１５万元，９月３０日付款３０万元，以上共计１１５万元。此后从１９９４年５月至１９９５年１２月实业公司又付给木材总厂款项２７４，８４７元。关于付款问题，一审判决还认定：讼争的营业大楼原由长城建筑公司所属史锡宝工程队施工，后变更为乌鲁木齐市天镁建筑公司（以下简称天镁公司）施工。经实业公司、木材总厂与史锡宝协商，由实业公司支付给史锡宝前期工程费用４万元，史锡宝收款后向实业公司出具了收条并向一审法院出具了证明。１９９４年５月１日营业大楼１－３层由天镁公司施工完毕后交付给实业公司，地下室于１９９５年１月１日交付给实业公司。施工中木材总厂共支付给天镁公司工程款９８４，０８１．１７元，其余款项由实业公司支付。１９９８年７月，实业公司与木材总厂在《建筑与安装工程审核情况说明书》中最后审定的营业大楼工程造价２，２３５，７８９．８１元，实业公司实际直接支付给天镁公司工程款为１，２５１，７０８．６４元。实业公司付给木材总厂、史锡宝、天镁公司款项共计２，７１６，５５５．６４元。实业公司为建设营业大楼实际超付资金１，７１６，５５５．６４元。对一审判决认定的这一事实，双方在二审期间中均未提出异议。一审期间，双方子１９９９年１１月１６日签署了两份付款清单，对帐结论为实业公司支付给木材总厂的款项为１，４２４，８４７元，双方无争议。另付给史锡宝４０，０００元和搬迁费１０，０００元双方有争议，由法庭确认。木材总厂支付９８４，０８１．１７元双方无争议，另有四笔费用计９５，２３０元，双方有争议，由法庭确认。同日，双方还签订了《中国民主同盟新疆实业发展有限公司欠新疆建筑木材加工总厂款项清单》，确认实业公司欠木材总厂６４，００５元。
　　此外，交流站与木材总厂在１９９３年３月签订了《协议书》约定：木材总厂同意为交流站向银行贷款１５０万元提供担保。交流站同意在银行贷款落实到位时，提前将租赁营业大楼合同书中约定应支付的续建工程款８０万元一次付清，并同时付足５０万元，作为信誉保证金。１９９７年４月，乌鲁木齐市沙依巴克区税务局（以下简称沙区税务局）无偿使用承租房二楼约３２５．３２平方米房屋作该局办公室，二上诉人均未与沙区税务局签订允许该局无偿使用部分讼争房向书面协议。一审判决认定，１９９６年１月１日至１９９９年５月１８日，木材总厂反租实业公司两间房，每间每年按１．８万元计算，木材总厂应付实业公司租金１２１，５００元；１９９７年３月１８日至１９９８年２月１６日，木材总厂又租实业公司房屋一间，每间每年１．８万元，应付租金１．６５万元；１９９８年７月１７日至１９９９年５月１８日，木材总厂又租实业公司房屋一问，每间每年仍为１．８万元，应付租金１．５万元。木材总厂反租实业公司四间房屋，共应支付实业公司租金１５．３万元。对上述认定，双方当事人在二审期间均未提出异议。
　　１９９７年６月１０日，木材总厂与实业公司签订《关于收交金三角租金的协议》，约定：根据双方签订营业大楼租赁合同，经双方充分协商，既考虑到原合同生效之日起三年内租金不变，逾期后在市场平均价水平上另行调整的条款，又考虑到实业公司存在困难的实际情况，同意对实业公司按优惠方案计算租金，即１９９６年应收租金３，０５４平方米×５０元×９个月＝１３７．４３万元，１９９７年应收租金３，０５４平方米×５０元×１２个月＝１８２．２４万元，１９９６年的租金于１９９７年７月底前交清，１９９７年的租金于１２月底前分三期付清。不再按期付清，按原合同第７条办理，即违约拖欠租金以日按千分之五计滞纳金。对于这份协议的效力，一审判决认定木材总厂清算小组写给该厂的清算报告中并未出现和涉及该协议，说明在１９９８年８月以前双方未就租金价格调整达成一致意见。清算小组负责人俞新元证实报告真实。木材总厂反租实业公司的四间房自１９９６年至１９９９年租金价格未作调整，也说明双方末就调整租金价格达成一致。实业公司认为，木材总厂是为了应付上级检查才要求与其签订该协议，该协议是虚假的，不是双方当事人的真实立思表示，应无效。木材总厂清算小组负责人俞新元向一审法院提供的书面《补充说明》称：清算报告反映的是个人观点，未经集体讨论，未形成领导班子集体意见，报告文本上未加盖单位公章。该报告不具备法律效力，一审法院以该报告作证据不尊重客观事实。木材总厂参与合同签订的工作人员向一审法院提供书面证言证明该合同真实、合法。

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