农业科技
2007年8月，中国农业科学院作科所、韩国农村振兴厅国家作物科学研究所及日本国家作物科学研究所互签科技合作谅解备忘录，决定在三国轮流召开中日韩作物科学研讨会。2008年至今，已举办四届研讨会，推动和加强中日韩在水稻、大豆科研和产业发展等领域的交流，促进了三方农业科技交流。第五届研讨会将于2012年在北京召开。
2003年10月中国农业科学院农业经济研究所、韩国农村经济研究院和日本农林水产政策研究所共同商讨未来三国在农村经济和农产品贸易等研究领域的合作，并成立“东北亚农业政策研究论坛”，迄今已走过8年的发展历程。
中日韩在推动农业可持续发展，加速农业科技创新和成果转化等方面有着共同的需求，下一步三国将加强农业科技战略研究，通过合作需求对接会等形式商定合作项目。三国将确定农业科技合作优先领域，在食品安全研究、可持续农业生产、小型农业机械引进等方面开展交流与合作。
渔业科技
自1990年起，中国水产科学研究院、日本水产综合研究中心、韩国国立水产科学院共同开展了科技人员学术交流工作，每年举办一次中日韩水产科技研讨会，截至2011年11月已召开了22届。中日韩三国水产专家已在研讨会上发表论文300多篇。研讨会对三国渔业资源养护和海洋生态环境保护等领域的科研和管理工作起到了积极的促进作用。
2006年6月中国水产科学研究院、日本水产综合研究中心、韩国国立水产科学院水产科研机构负责人在韩国釜山签署合作谅解备忘录，为进一步发展合作伙伴关系，决定以后三方每年轮流召开一次中日韩水产科研机构负责人会议，迄今已举办5次。
在中日韩水产科技研讨会和中日韩水产科研机构负责人会议机制下，三国积极推进水产科技人员的交流。
在三方签署的合作谅解备忘录框架下，三方机构按照共同制定的合作方向开展了合作研究。在气候对渔业及环境产生的影响、大型水母发生机制、减轻黄海大海洋生态系环境压力等方面开展了广泛的合作，逐步形成了互利共赢的良好局面，有力地推动了三国渔业科技的可持续发展。
在当前渔业全球一体化进程加快以及渔业发展对科技需求不断加大的前提下，中日韩三方应在以下方面加强合作：拓展合作领域，在渔业增养殖研究、气候变化对海洋环境及资源影响研究、水产品的安全性研究、大型水母的研究、低碳节能型社会构建的研究、沿岸生态系统与资源保护及可持续利用技术研究等方面继续开展合作研究；加强平台建设，继续完善中日韩水产科技研讨会和中日韩水产科研机构负责人会议两个机制，同时探索双边或多边联合实验室或试验基地等平台建设，促进开展合作研究项目。
（五）水利
受全球气候变化影响，极端天气频发多发，洪涝灾害、干旱缺水等水问题日益凸显，已成为亚太地区乃至全世界共同面临的挑战。中日韩三国同属东北亚地区，是一衣带水的友好邻邦，在水利领域有着广泛的交流与良好的合作。
2009年第二次中日韩领导人会议发表了《中日韩可持续发展联合声明》，表示将“适时启动水资源主管部长会议机制，重点开展‘应对气候变化的河流综合管理和水资源管理’议题的研究”。2012年3月，中日韩三国在法国马赛签署了《中华人民共和国水利部、日本国国土交通省、大韩民国国土海洋部关于建立水资源部长会议机制的合作备忘录》（以下简称“《合作备忘录》”），确定“每三年至少举行一次”部长会议，具体合作领域包括政策交流对话、经验和信息共享、联合科研、能力建设和发表共同立场声明等。《合作备忘录》的签署标志着三国在水资源领域的合作进入了一个新的阶段。
在中日韩水资源部长会议机制建立前，三国在水利方面的合作主要在世界水论坛机制下进行。2006年3月在墨西哥举行的第四届水论坛及部长级会议期间，中国水利部、日本国土交通省和韩国原建设交通部联合举办了“洪水管理”、“亚洲季风区的河流修复”和“水资源信息系统”三场议题分会，并发布了《第四届世界水论坛中日韩议题分会联合倡议》。
2009年3月在土耳其举行的第五届世界水论坛及部长级会议期间，中国水利部牵头举办了“特大自然灾害与水利基础设施风险管理特别分会”，日本和韩国应邀出席特别分会；在论坛组委会的协调下，中国水利部与日本国土交通省和韩国国土海洋部共同举办了“水与灾害”部长级圆桌会议；三方在水论坛期间签署了《中日韩三国水利部长关于水管理合作的联合声明》，表示将考虑签署合作备忘录，开展联合研究，并适时举行中日韩三国水利部长会议。
2012年3月在法国举行的第六届世界水论坛及部长级会议期间，三国签署了《合作备忘录》；中国水利部与日本国土交通省共同举办了“涉水灾害”部长级圆桌会议。
