1999年3月23日，我国政府代表团在日内瓦向国际植物新品种保护联盟（UPOV）递交了加入《
国际植物新品种保护公约》的加入书，同年4月23日我国成为UPOV成员国。
1999年4月23日，我国正式启动实施了《
植物新品种保护条例》（简称条例），开始受理植物新品种权申请。
根据农林两部局达成的植物新品种保护分工意见，农业部负责粮、棉、油、麻、桑、茶、糖、菜、食用菌、烟、果树、（水果部分）、草本药材、草本花卉、草、橡胶、绿肥等植物新品种权的申请；国家林业局负责林木、竹、木质滕本、木本花卉、果树（干果部分）、及木本油料、饮料、调料、木本药材等植物新品种权的申请。
1999年，农业部制定并发布了条例实施细则（农业部分）和
农业植物新品种保护名录（第一批）。第一批受保护的农业植物有：水稻、玉米、大白菜、马铃薯、春兰、菊属、石竹属、唐昌蒲属、紫花苜蓿、草地早熟禾。国家林业局制定并发布了条例实施细则（林业部分），并发布了第一批
林业植物新品种保护名录为毛白杨、杉木、泡桐属、木兰属、牡丹、梅、蔷薇属、山茶属共8种（属）。
至1999年12月31日，农业部已受理品种权申请115件，其中水稻15件，玉米95件。大白菜4件，马铃薯1件。从申请人身份来看，科研单位申请64件，教学单位4件，企业39件，个人2件，科研教学单位与企业合作申请6件。经对67件品种权申请初步审查，有66件品种权符合规定，已发布初审合格公告。另一件视为撤回。
至1999年12月31日，国家林业局共受理了109件品种权申请，其中林木6件，木本花卉103件。
经过审查，国家林业局于1999年12月29日授予了北京林业大学“三毛杨1号”等6个三倍体毛白杨植物新品种权，这是国家林业局授予的第一批植物新品种权，也是第一批受理的林业植物新品种权申请。
1999年，农业部组建了农业植物新品种繁殖材料保藏中心，主要负责检测申请人送交的繁殖材料的数量、质量，并进行保藏。同时，按审批机关的要求向有关测试机构提供测试用繁殖材料。
农业部授权北京中农恒达植物新品种权代理事务所有限公司为首家农业植物新品种权代理机构，自条例实施以来，该公司已代理品种权申请109件。
1999年制定了《农业部植物新品种繁殖材料保藏中心管理办法》、《农业植物新品种权代理机构管理办法》，明确了保藏中心、代理机构的职责任务、运行管理等内容，加强了这些机构的监督管理。
1999年，开始发布《植物新品种保护公报》，组织编写了《植物新品种保护基本知识》，并向社会各界广泛发放，对宣传植物新品种保护的重要性以及促进条例的实施都起到了良好的作用。
1999年5月，农业部、国家林业局、科技部和UPOV在昆明和北京两地联合举办了“技术创新与植物新品种保护国际研讨会”各国代表围绕“技术创新条件下的植物新品种保护”主题展开了广泛研讨。
此外，1999年7月，农业部聘请了法国专家讲授了法国的新品种保护制度的建立与发展，种子管理组织体系，品种保护与品种登记及与种子贸易的关系，新品种保护测试技术等知识。
