在知识产权的刑事司法保护方面，2006年全国地方法院共审结涉及知识产侵权的刑事案件2，277件；判决发生法律效力3，508人，其中有罪判决3，507人。在审结案件中，以侵犯知识产权犯罪判处的案件769件，生效判决人数1，212人，比上年分别上升52.28%和62.21%；以生产、销售伪劣商品犯罪（涉及侵犯知识产权）判处案件437件，生效判决人数766人；以非法经营罪（涉及侵犯知识产权）判处的案件1，066件，生效判决人数1，525人；以其他犯罪判处的涉及侵犯知识产权的案件5件，生效判决人数5人。
为进一步完善知识产权诉讼制度，最高人民法院审判委员会讨论通过了涉及不正当竞争和植物新品种侵权案件审理的两个新司法解释，修订了网络著作权案件司法解释，对涉及知识产权权利冲突和音乐电视著作权案件审理的司法解释起草稿进行了进一步的调研和论证。
为合理配置知识产权司法资源，最高人民法院在2006年指定株洲、绵阳、东莞等11个中级法院作为专利纠纷案件的一审法院；指定四川绵阳市中级法院作为植物新品种纠纷案件的一审法院；批准江苏省南京市鼓楼区、常熟市法院2个基层法院受理非指定管辖的第一审知识产权民事纠纷案件。截至2006年底，全国具有专利、植物新品种和集成电路布图设计案件管辖权的中级法院分别为62个、38个和43个，具有知识产权民事案件管辖权的基层法院有17个。
2006年3月10日，最高人民法院知识产权审判庭和中国法院网联合正式开通了“中国知识产权裁判文书网”，为全国法院公开生效知识产权裁判文书提供了统一平台。
十、国际合作规模扩大，合作层次不断提高
2006年，国家知识产权局与WIPO联合开展了一系列合作与交流活动，包括WIPO PCT巡回研讨班（分别在北京、哈尔滨、南京及青岛、成都等地举行）；WIPO工业品外观设计海牙协定国家研讨会（在深圳举行）；WIPO世界学院--中国中部和东北部地区知识产权局局长知识产权高级培训班（分别在中国湖南、瑞士日内瓦举行）；WIPO传统知识、传统文化表达和遗传资源地区间研讨会（在中国河南成功举办）；WIPO知识产权执法研讨会（北京）等。4月，“亚洲地区专利审查培训班”首次在京成功举办，亚洲地区14个国家的22位代表参加培训。
9月，国家知识产权局局长田力普随温家宝总理出访德国，出席中德知识产权领域合作25周年纪念活动，与德国专利商标局局长沙德共同签署了中德两局2007年双边合作纪要；12月，田力普局长与欧专局蓬皮杜局长在慕尼黑举行了两局第十七次混合委员会，两局合作得到进一步加强。
2月，国家知识产权局局长田力普与美国专利商标局局长在华盛顿举行了首次正式会谈，签署了两局战略性合作工作计划，正式确定两局建立局长定期会晤机制。4月，田力普局长参加了由吴仪副总理率领的中国政府代表团，出席在美召开的第17届中美商贸联委会。
12月4日，第六次中日韩三国知识产权局局长政策对话会议在京召开，日本特许厅厅长中岛诚、韩国特许厅厅长全湘雨率团与会，会议制定了三局合作蓝图的中期目标，签署了会谈纪要。
6月，田力普局长与吉尔吉斯知识产权署署长奥莫罗夫在京签署了《
中华人民共和国政府与吉尔吉斯共和国政府知识产权合作协定》。8月，田力普局长率团出访越南并签署了《中国国家知识产权局与越南国家知识产权局知识产权合作协议》，开启了中越知识产权合作的新局面。
