2009年，知识产权权利人在海关总署申请办理海关知识产权保护备案数量持续快速增长。海关总署全年共审核通过备案3 002项，其中核准专利权731项，商标专用权2 146项，著作权125项，年度核准备案总量首次突破3 000项。自1995年实施知识产权海关备案制度以来，海关总署共核准备案知识产权19 038项。同时，“知识产权海关保护备案申请系统”正在升级改造。
2009年，农业部和林业局持续推进植物新品种保护。2009年，农业部受理国内外品种权申请992件，较2008年868件增长了14％，创历史新高，其中外国人申请104件，较2008年增长12％。年申请量居国际植物新品种保护联盟成员第四位，仅次于欧盟、美国和日本。通过优化品种权申请审查和测试流程，审批效率大大提高，授予品种权达到1 119件，较2008年提高了145％。截至2009年12月31日，国内外植物新品种权申请累计达6 555件，已结案3 407件，授予品种权2 595件。受理公示农产品地理标志登记申请244件，颁发了185份农产品地理标志登记证书。截至2009年底，林业局共受理国外植物新品种权申请176件，已授权90件，授权率达到51％。
三、知识产权行政执法工作开创新局面
2009年，中国知识产权行政执法各相关部门结合自身职能，严格依法执法，开创了知识产权行政执法新局面。
2009年，国家知识产权局先后制定印发了《关于近期知识产权局系统执法工作安排的通知》、《2009年度“雷雨”、“天网”知识产权执法专项行动方案》等文件，对本系统执法工作进行统一部署，指导推进各项重点执法工作的开展。
国家知识产权局全系统深入开展“雷雨”、“天网”行动和各具地方特色的执法专项行动，大大遏制了群体侵权、反复侵权行为与专利诈骗行为的发生，提高了大型展会等环节知识产权执法与维权工作成效，震慑了违法分子，大大增强了权利人、创新主体和消费者的信心，对营造创新与发展的良好环境发挥了重要作用。
2009年，全国各地方知识产权局共受理专利侵权纠纷案件937件，受理其他专利纠纷案件26件。查处假冒他人专利案件30件，查处冒充专利案件548件。共出动执法人员13 240人次，检查商业场所6 013次，检查商品1 322 521件，向公安等部门移交案件9件，接受其他部门移交案件9件，跨部门执法协作533次，跨地区执法协作204次。
2009年，全国各级工商行政管理机关查处各类商标违法案件总计51 044件，其中商标一般违法案件7 448件，商标侵权假冒案件43 596件；查处商标涉外案件10 461件；共收缴和消除违法商标标识13534万件；移送司法机关涉嫌商标犯罪案件92件，犯罪嫌疑人109人。
国家工商行政管理总局高度重视中国企业海外维权工作，针对中国企业商标在有关国家被恶意抢注的情况，通过外交努力，妥善予以解决。
2009年，在开展第五次全国范围的打击网络侵权盗版专项治理行动中，各级版权管理部门通过约谈、网络实时监控、实地检查、签订责任书等多种形式，加强对在各地区有影响的互联网企业和网站的监管，有效规范网络版权秩序；版权、公安、电信三部门继续发挥网络专项治理协作机制的作用，坚决打击网络影视、网络文学、网络游戏等领域侵权盗版行为。各地共查办网络侵权案件541件，关闭非法网站362个，罚款128万余元，没收服务器154台，向司法机关移送24起涉嫌构成刑事犯罪的重大案件。在专项行动中，各地重点打击了存在淫秽色情、非法违禁和侵权盗版内容的网站，查处40多个侵权内容与淫秽色情、非法违禁内容并存的非法网站，占到关闭网站总量的12％。由版权行政管理部门立案查处并移送司法机关依法审判的全国第一起打击大规模网络软件盗版行为的成功刑事案例“番茄花园软件盗版案”在国内外引起积极反响，对网络侵权盗版行为产生了巨大的震慑作用。
国家版权局联合全国“扫黄打非”办公室、文化部和
教育部出台《关于加强图书馆著作权保护工作的通知》，切实加强图书馆著作权保护工作，提高了我国图书馆的版权管理和版权保护水平。
面对不断增长的监管业务量，全国海关在有限的人力物力条件下，合理配置执法资源，充分运用风险管理理念，查获进出口侵权货物案件大幅增长。2009年，全国海关共采取知识产权保护措施67 051次，实际扣留侵权嫌疑货物65 810批，与2008年相比，分别增长了4.1倍和4.9倍，实际扣留侵权货物2.8亿件，价值4.5亿元人民币。在海关总署统一部署下，全国海关有针对性地开展执法专项行动，提高执法效率。2009年6～12月，海关总署在全国范围内开展了为期7个月的“邮递和快件渠道保护知识产权专项行动”，针对境内不法分子利用邮递和快件渠道，化整为零，大肆出口侵权商品的行为，监管部门采取有效措施，加强对出境邮递物品和快件的实际监管，对寄往高风险国家和地区的邮包或者快件，适当提高查验比例，在条件允许的情况下实行100％过机查验，简化对侵权邮包和快件的扣留程序以及案件的调查和处理程序。在专项行动期间，全国海关在邮递和快件渠道共扣留侵权物品37 918批次，涉及侵权商品261.29万件，货值6 16627万元人民币。同时，全国各级海关采取各种措施加大对国内企业自主知识产权的保护力度，涌现出一批如拱北海关组织开展的保护自主知识产权“春风”行动等富有特色的专项行动
