1997年4月，福州、厦门和高雄间的海上试点直航开始运行，两岸资本的船公司使用方便旗船（或称权宜轮）经高雄港转运两岸外贸中转货物。1998年3月，两岸定期集装箱班轮航线开通，运输两岸货物的船舶经第三地换单不换船航行两岸港口。
2001年初，考虑到金门、马祖民众的需求，大陆方面为金、马与福建沿海地区的海上通航尽力提供协助。双方使用两岸资本并在两岸注册的船舶，采用只挂公司旗的方式，开通了两地海上客运、货运航线。
在空中通航方面。1981年10月，大陆民航主管部门表示随时准备与台湾有关方面进行两岸空中通航的谈判。1990年3月，颁布《中国大陆与台湾间民用航空运输不定期飞行的申请和批准程序的暂行规定》。1989年至1996年，两岸民航业界互为客货销售代理和开办"一票到底"、"行李直挂"等业务，签署了多项协议，开展了涉及票务、商务、机务、航务、服务等方面的合作。1995年12月、1996年8月，澳门航空、港龙航空分别开辟了澳台、港台航线，实现了大陆经澳门、香港至台湾"一机到底"的间接通航。1997年迄今，大陆有关方面批准4家台湾航空公司在北京设立代表处。
2003年春节期间，为便利台商返乡过年，大陆方面采取灵活务实的办法，特事特办，批准台湾6家航空公司共16架次包机，从台北、高雄经停港澳至上海往返接送台商。这是50多年来台湾航空公司的飞机首次循正常途径停降大陆机场。
3、两岸通商（贸易、投资、金融）进展情况
在两岸贸易方面。从1979年开始，大陆方面即对台湾产品开放市场，并给予免税、减税等优惠待遇。2000年12月，外经贸部颁布了《对台湾地区贸易管理办法》。两岸贸易金额1978年为0.46亿美元，2002年增至446.6亿美元，增长了近970倍。截至2003年9月底，两岸贸易总额累计3091.8亿美元，其中大陆对台出口488.9亿美元，自台进口2602.9亿美元，累计逆差达2114亿美元。自1991年始，大陆已成为台湾最大的顺差来源。根据2002年统计，大陆已成为台湾第一大出口市场，台湾是大陆第二大进口市场。
在投资方面。1988年7月，国务院颁布了《关于
鼓励台湾同胞投资的规定》。1992年，台湾当局允许台湾同胞经第三地对大陆间接投资和进行技术合作。1994年3月，全国人大常委会通过了《
台湾同胞投资保护法》， 1999年12月，国务院制定了《
台湾同胞投资保护法实施细则》，各地方人大和政府也结合本地实际，制定了相应的地方性法规和行政规章，形成和完善了保护台胞合法权益的法律法规体系。大陆各有关部门和各地方不断改善投资环境，努力为台胞提供优质服务，促进了台胞投资。截至2003年9月底，大陆方面累计批准台资项目59458个，合同台资679.8亿美元，实际使用台资357.1亿美元。根据台湾有关方面统计，自1993年始，大陆成为台商对外投资的首选地区。
