近年来，国家分别在农业部和国家林业局成立了植物新品种保护办公室、植物新品种复审委员会，形成了以审批机关、执法机关、中介服务机构和其他维权组织相结合的保护组织体系。同时，建立了由农业植物新品种繁殖材料保藏中心、植物新品种测试中心和14个测试分中心，以及林业植物新品种测试中心、5个测试分中心和2个分子测定实验室组成的技术支撑体系。为保证品种权审查的科学性和权威性，在借鉴国际植物新品种测试技术规范的基础上，结合中国实际，有关部门组织制定了玉米、水稻、杨树、牡丹等57种植物新品种测试指南，其中18种已以国家或行业标准予以公布实施。
国家先后发布并实施了五批农业植物新品种保护名录和四批
林业植物新品种保护名录，使受保护植物属和种的数量达到119个，其中农业植物品种41个、林业植物品种78个，远远高于《
国际植物新品种保护公约》规定的最低数量。
截至2004年底，农业部共受理品种权申请2046件。按年度划分，1999年仅有115件，2004年达到735件，平均每年递增44.9％；按种类划分，有大田作物1875件，蔬菜87件，果树52件，观赏植物32件；按单位划分，有科研教学单位1274件，企业和个人772件（其中外国企业和个人32件）。经审查合格，共授予品种权503件。
到2004年底，国家林业局受理品种权申请305件，其中来自法国、德国、荷兰、比利时、美国等国家的申请64件，授予植物新品种权72件。种类主要有月季、牡丹、一品红、杜鹃、杨树、板栗、杏、桉树、核桃等，其中木本观赏植物申请量253件，占申请总量的82.95％。申请人主要为国内研究机构、国外私人育种者和国内大学，分别占申请量的50.2％、14.4％和11.1％。
从2001年开始，国家选择12个省市开展植物新品种保护执法试点，并逐步在全国展开。截至2004年底，全国有17个省（自治区、直辖市）查处农业植物新品种侵权和假冒案件863件。
七、知识产权海关保护
1994年9月，中国开始对知识产权实施边境保护。目前，中国海关已经建立起一套包括报关单证审核、进出口货物查验、对侵权货物的扣留和调查、对违法进出口人进行处罚以及对侵权货物进行处置等环节在内的完善的知识产权执法制度。
1995年10月，中国首次颁布实施《
知识产权海关保护条例》，开始建立符合世界贸易组织规则的知识产权边境保护制度。2000年全国人大常委会修订《
中华人民共和国海关法》，从法律层面确定了海关知识产权保护方面的职能。2003年12月中国政府颁布修订后的《
知识产权海关保护条例》，强化海关调查处理侵权货物的权力，减轻知识产权权利人寻求海关保护的负担，明确海关和司法机关以及其他行政机关之间的职责。随后，国家海关总署制定新条例《实施办法》，就新条例有关保守商业秘密问题、国际注册商标的备案问题、担保金的收取和退还问题、权利人对有关费用的承担问题等予以明确规定。2004年9月，中国政府公布《行政处罚实施条例》，对进出口侵犯知识产权的行政处罚予以明确规定。2004年12月，最高人民法院和
最高人民检察院公布实施的《关于办理侵犯知识产权刑事案件具体应用法律若干问题的解释》，进一步明确了代理进出口侵权货物的刑事责任。至此，适应经济和社会发展需要的知识产权海关保护法律体系基本建立起来。
中国建立健全了知识产权海关保护执法机制。一是建立知识产权海关保护的中央备案制度。只要知识产权权利人事先将知识产权在海关总署备案，口岸海关就有权对侵犯有关备案的知识产权的进出口货物予以扣留，截至2004年底，海关总署共核准知识产权海关保护备案6257件。二是实行主动保护与被动保护相结合的执法模式。海关不仅根据知识产权权利人的申请扣留进出口的侵权嫌疑货物，而且主动依据职权对进出口侵权货物的违法行为进行查处。三是建立健全执法机构，加强知识产权执法队伍建设。截至2004年底，全国各直属海关均设立相关部门负责知识产权保护的管理工作，有11个海关还设立了专门的知识产权保护机构，一些具备条件的海关在业务现场设立了知识产权工作的联络员。海关总署-直属海关-隶属海关三级知识产权执法体系已初步形成。
