唐朝中央政府对西域各地实行的是藩汉分别管理制度，即在汉民集中居住的伊州、西州和庭州等地，行政上采用与内地一样的府、州、县、乡、里管理制度；经济上推行“均田制”（唐朝田制）与“租庸调制”（唐朝赋税制度）；军事上实行“府兵制”（唐朝军事制度）。非汉民聚居区，则设置“羁縻府州”，即继续维护当地本民族首领的行政管理制度，冠以唐朝都护、都督、州剌史的名号，允其以旧俗治理其部众。同时，还在龟兹、于阗、疏勒、碎叶（一度是焉耆）设军事建制，史称“安西四镇”。
五代宋辽金时期，因中原地区诸朝争夺统治权而无暇顾及西域，西域出现了几个地方政权并列的局面。其中主要有高昌、喀喇汗和于阗等地方政权，但它们同中原诸王朝都保持着密切关系。
高昌与喀喇汗王朝都是公元840年漠北回鹘汗国覆灭后，由西迁西域的回鹘人汇同其他操突厥语诸族建立的地方政权，前者以吐鲁番地区为中心，后者控制包括天山南部、中亚河中等广大地区。
回鹘人落居西域及其建立的这些地方政权与中原王朝关系十分密切，喀喇汗王朝的统治者就自称“桃花石汗”，意即“中国之汗”，表示自己是属于中国的。1009年，占领于阗地区的喀喇汗王朝派出使臣向北宋（公元960年—1127年）进献方物。1063年，北宋册封喀喇汗王朝可汗为“归忠保顺（音：后）鳞黑韩王”。北宋建立后第三年，高昌回鹘就派遣使者42人前往北宋进贡方物。
于阗系塞人居地。唐朝以后，于阗尉迟王族执政，与中原地区往来密切，因曾受过唐朝册封而自称李姓。公元938年，后晋高祖遣张匡邺、高居诲出使于阗，封李圣天为“大宝于阗国王”。北宋初，于阗使臣、僧人向宋朝进贡不断。
元朝时期成吉思汗完成对天山南北的政治统一。蒙古汗最初设立“达鲁花赤”（蒙古官名，意为镇守官）、“别失八里等处行尚书省”等军政管理机构，对西域进行军政管辖。元朝建立后，在发展西域各地社会经济的同时，在吐鲁番地区设立提刑按察司，以后，又在吐鲁番等地建立交钞提举司（印钞机构）和交钞库等机构，设置“别失八里元帅府”以总管派往该地的“新附兵”（元朝以俘降的南宋士卒组成的军队）屯垦事务，派兵到和阗、且末等地屯田，在别失八里设立冶场“鼓铸农具”。在畏兀儿（元朝称回鹘为“畏兀儿”）地区实行“计亩输税”。1406年，明朝设立了哈密卫，任用哈密当地的世族首领为各级官吏统辖当地军政事宜，维持中西商贸通道之安全，并对西域其他地区实施羁縻控制。
清朝政府对西域的统一规模和管辖范围。1757年，清朝平定长期割据西北的准噶尔政权。两年后，清朝平定伊斯兰教白山派首领大、小和卓（大和卓波罗泥都、小和卓霍集占）叛乱，巩固了对西域各地的军政统辖。在管理制度方面以1762年设立的“伊犁将军”统一行使对天山南北各地的军政管辖，官府驻地在“惠远城”（今霍城县境），分设都统、参赞、办事、领队大臣管理各地军政事务。清朝政府依据“因地制宜”、“因俗施治”的原则，对天山北部汉、回族居住区实行郡县制管理；在伊犁地区和天山南部各地维吾尔族中维持当地的“伯克制”，但是伯克（突厥语音译，地方官吏称号）的任免权归于中央，并严格实行政教分离；对蒙古族和哈密、吐鲁番地区的维吾尔族则实行“扎萨克（蒙古语音译，意为支配者）制”，即册封王、贝子、公等世袭爵位。清朝政府在官员的任用方面还采取了以满族为主、各族官员并用的政策；经济方面，推行以农业为主，农牧并举的经济措施，采取减轻赋税，确定财政定额补贴制度等。清朝统治时期，新疆的社会经济得到了稳步的发展。
1840年鸦片战争以后，新疆受到沙俄等列强的侵略。1875年，陕甘总督左宗棠就任钦差大臣，督办新疆事务。到1877年底，清军陆续收复了中亚浩罕汗国（费尔干纳）阿古柏侵占的天山南北诸地。1881年2月，清政府收复被沙俄强行占领长达十一年之久的伊犁。1884年，清政府正式在新疆建省，并取“故土新归”之意改称西域为“新疆”。新疆建省，是清朝政府对历朝各代治理新疆的一次重大改革。自此，由巡抚统管全疆各项军政事务，新疆军政中心由伊犁移至迪化（今乌鲁木齐）。至1909年，新疆省下辖4道，道以下共隶有6府、10厅、3州、21个县或分县，新疆行政建置与内地完全一致。
1911年辛亥革命爆发后第二年，革命党人在伊犁策动起义成功，成立新伊大都督府，宣告了清朝在伊犁地区政治统治的结束。民国政府建立后，不断强化新疆防务。
1949年9月25日新疆和平解放。随着全国解放形势的发展和新疆各族人民革命斗争形势的高涨，国民党新疆警备司令陶峙岳、新疆省政府主席包尔汉宣布起义，中国人民解放军第一野战军第一兵团在王震将军率领下进驻新疆。1949年10月1日，新疆各族人民同全国人民一起，迎来了中华人民共和国的成立。
综上所述，自汉朝于公元前60年在新疆设“西域都护府”之后，中国历代中央政府都对新疆进行军政管辖。由于历代统治时强时弱，中央政府对新疆地区的管辖也时强时弱。新疆各族人民积极维护与中央政府的关系，为中华民族大家庭的形成和巩固作出了自己的贡献。
四、“东突厥斯坦”问题的由来
在中世纪阿拉伯地理学著作中，曾出现过“突厥斯坦”一词，意为“突厥人的地域”，是指中亚锡尔河以北及毗连的东部地区。随着历史的演进，中亚近代各民族相继确立，到十八世纪，“突厥斯坦”的地理概念已相当模糊，在当时史籍中也已基本无人使用。十九世纪初，随着帝国主义列强在中亚地区殖民扩张的深入，地理名词“突厥斯坦”重新被提出。1805年，俄国人季姆科夫斯基在使团出使报告中又使用了“突厥斯坦”的名称，用以从地理上表述中亚及中国新疆南部塔里木盆地。鉴于两地历史、语言、习俗的差异和政治归属的不同，他将位于“突厥斯坦”东部的中国新疆塔里木盆地称为“东突厥斯坦”，或称为“中国突厥斯坦”。十九世纪中期，俄国先后吞并了中亚希瓦、布哈拉、浩罕三汗国，在中亚河中地区设立了“突厥斯坦总督区”，于是西方一些人称中亚河中地区为“西突厥斯坦”，或“俄属突厥斯坦”，把中国新疆地区称为“东突厥斯坦”。
二十世纪初以后，极少数新疆分裂分子和宗教极端分子，受国际上宗教极端主义和民族沙文主义思潮的影响，根据老殖民主义者炮制的说法，将不规范的地理名词“东突厥斯坦”政治化，编造了一套所谓的“东突厥斯坦独立”的“思想理论体系”。鼓吹“东突厥斯坦”自古以来就是一个独立的国家，其民族有近万年历史，“是人类历史上最优秀的民族”；鼓噪所有操突厥语和信奉伊斯兰教的民族联合起来，组成一个“政教合一”的国家；否认中国各民族共同缔造伟大祖国的历史；叫嚣“要反对突厥民族以外的一切民族”，消灭“异教徒”，中国是“东突厥斯坦民族3000年的敌国”，等等。所谓的 “东突”理论形成后，形形色色的分裂分子都打着“东突”的旗号进行活动，企图实现其建立“东突厥斯坦国”的妄想。
