3、明确了港口岸线使用审查、评审的具体内容
结合近年来港口岸线使用审批工作的实践经验，《办法》第十条提出了港口岸线使用申请审查、专家评审的六方面具体内容要求，包括港口建设项目必要性、岸线使用方案合理性审查，还包括产业政策、港口规划以及国家技术标准和规范的审查，进一步完善了相关要求，有利于港口岸线使用申请人和各级港口行政主管部门操作和执行。
4、《办法》对国家核准其它建设项目使用港口岸线的审批做出了明确规定
《
港口法》第
十三条提出"由国务院或者国务院经济综合宏观调控部门批准建设的项目使用港口岸线，不再另行办理港口岸线的审批程序"，《办法》对此规定在程序上进行了完善。《办法》第十一条规定"由国务院或者国家发展改革委审批、核准的港口建设项目，向国家发展改革委报送可行性研究报告或者项目申请报告时，应当同时抄报交通运输部。交通运输部对港口建设项目提出行业意见时一并提出岸线使用意见。由国务院或者国家发展改革委审批、核准的其它建设项目，在港口总体规划区范围内建设港口设施，使用港口深水岸线的，国家发展改革委在审批、核准之前，征求交通运输部关于建设项目使用港口岸线的意见。"
5、建立了港口岸线使用证管理制度
《办法》建立港口岸线使用证管理制度，一方面是根据《
行政许可法》的要求加强对许可事项进行监督管理，便于对港口岸线使用实施后续监督。另一方面也是对岸线使用行政许可程序的完善，港口深水岸线使用证由交通运输部直接向岸线使用申请人核发。
《办法》第十四条对港口岸线使用证取得的时间、方式以及港口岸线使用证的主要内容进行了规定。第十九条对港口岸线使用证注销条件进行了规定。
《
港口岸线使用审批管理办法》关于港口岸线使用许可效力及相关法律责任的规定
一是《办法》将港口岸线使用审批作为港口建设项目施工许可的前置条件。《办法》第十三条规定，"港口设施项目未取得港口岸线使用批准文件或者交通运输部关于使用港口岸线的意见，不予批准港口设施项目初步设计和施工许可"。
