二是关于通航安全影响论证评估制度。按照国家规定需要立项的对通航安全可能产生影响的涉水工程，在工程立项前交通运输主管部门应当按照职责组织通航安全影响论证审查，论证审查意见作为工程立项审批的条件。水上水下活动在建设期间或者活动期间对通航安全、防治船舶污染可能构成重大影响的，建设单位或者主办单位应当在申请海事管理机构水上水下活动许可之前进行通航安全评估。
三是关于水上水下活动安全主体责任。第一，涉水工程有关单位应当建立健全安全制度和管理体系，严格履行有关职责，落实通航安全评估以及活动方案中提出的各项安全和防污染的措施。涉水工程应当确保水上交通安全设施与主体工程同时设计、同时施工、同时投入生产和使用。涉水工程业主单位、经营管理单位，应当保证工程试运行期、竣工后的水上交通安全。第二，施工作业船舶应具备相应的安全标准和条件，施工单位和作业人员应当遵守按规定进行作业，遵守有关水上交通安全和防治污染的相关规定， 设置安全作业区的，应当设置安全警示标志和配备必要的安全设施，做好协调工作。第三，对水上水下活动产生的障碍物、遗留物，建设单位或者主办单位应及时报告并按有关规定及时清除。第四，水上水下活动完成后，应当向海事管理机构提交通航安全报告，以便及时核查并做出相应处理。
四是关于水上水下活动的监督检查。海事管理机构在对施工现场进行检查时，有关单位和人员应当予以配合。发生自然条件、水域环境危及施工安全的情形，海事管理机构应当责令停止施工作业，并采取防范措施。对未履行安全管理主体责任、施工作业船舶不符合安全标准等情形，海事管理机构应当责令改正。
《规定》还要求海事管理机构建立涉水工程施工单位水上交通安全诚信制度和奖惩机制。对违章行为及时通告。
五是法律责任。第一，对以欺骗或其他不正当手段取得许可证的，撤销许可，注销许可证；对未经许可、许可证失效、涂改许可证、未按规定报备四种情形应责令停止施工作业，对违反航行通（警）告管理行为的，责令改正，对以上违法行为还可处罚款。第二，对未经许可擅自构筑、设置水上水下建筑物或设施的，禁止任何船舶进行靠泊作业。影响通航环境的，应当责令构筑、设置者限期搬迁或拆除，搬迁或拆除的有关费用由构筑、设置者自行承担。第三，对未妥善处理有碍航行和作业安全隐患并按照海事管理机构的要求采取相应措施的，责令改正并处相应罚款。
