（一）体例与结构
相对于原管理办法，《办法》作了较大的改动，条文从原来的十三条增加至现今的四十条，增加了铁路列车、公路车辆舱单管理和舱单变更等内容，包括总则、进境舱单管理、出境舱单管理、舱单变更和附则五章。同时，整合、细化了进境舱单和出境舱单提前向海关传输的时限，填补了海关对铁路列车、公路车辆舱单管理的立法空白。为了表述准确，将名称调整为《中华人民共和
海关进出境运输工具舱单管理办法》。
（二）适用范围和舱单等基础概念解释（见第三、三十四、三十五条）
原管理办法由于客观原因，规定的适用范围仅限于海关对海运和空运舱单电子数据交换的管理。《办法》根据目前各种运输方式发展的现状和海关监管要求，扩大了适用范围，包括了对进出境船舶、航空器、铁路列车及公路车辆舱单的管理。《办法》还突破了以前舱单只针对货物的局限，将物品（包括行李物品、邮递物品等）及旅客舱单纳入《办法》进行管理。 《办法》对舱单重新作了界定，并按进出境方式对舱单进行了分类，包括进境的原始舱单和出境的预配舱单、装（乘）载舱单。此外，《办法》对涉及舱单及相关电子数据管理的一些常用术语作了统一解释。
（三）关于舱单等电子数据传输主体（见第四、六条）
舱单电子数据的传输包括两部分，一部分是舱单电子数据，另一部分是与舱单相关的其他电子数据，如理货报告等。因此，《办法》将传输上述舱单电子数据的主体相应分为两类：一类是舱单传输人（主要包括运输工具负责人、无船承运业务经营人等义务主体）；另一类是相关数据传输人（包括理货部门、监管场所经营人及出口货物发货人）。根据《
中华人民共和国海关行政处罚实施条例》的规定，上述两类主体有义务按照规定期限向海关传输舱单及相关电子数据，否则被视为违反海关监管规定。 同时，《办法》明确规定上述两类传输主体应当向海关备案，这主要基于两方面的考虑，一是通过备案，海关可以充分了解舱单传输人及相关数据传输人的有关信息，便于海关开展风险管理工作；二是通过备案，方便企业通过海关建立的“进出境舱单管理系统”进行舱单等电子数据的传输，并有利于海关对企业的分类管理。
（四）关于舱单等电子数据的传输时限（见第二、三章）
