《93规则》没有规定对作为行政相对人的船舶所有人、经营人、船长、签证申请人及其代理人和作为行政主体的签证机关及其签证人员的法律责任和责任形式。由于签证各方的权利和义务不明确，往往通过行政命令的形式来调整，导致船舶签证管理外延扩大化和不稳定以及责任追究的主观性和随意性。长期以来，由于职责不清，责任不明，影响了签证工作的正常、有序开展，也与行政许可责任法定和权责一致的原则不相符。
三是船舶签证管理需要进一步适应港口和航运经济的发展。随着港口经济和航运生产力的发展，港口建设速度不断加快，港口急剧膨胀，港口密集度显著提高，一些航运发达的内河水域港口相连成片，形成了密集的“港口群”，许多港口在港内又建设了新的港区和作业点，部分新港区还建设在现有海事管理机构设置难以覆盖的边远地区。港口密集度的提高、港区范围的迅速扩大，使得港口界限和范围不断变化，码头所属权、经营权也较复杂，新老港区作业点分布的复杂化以及船舶港内运输和临近港口之间的运输形式的复杂化使得船舶进出港口的行为难以严格界定，需要进一步明确船舶签证管理的调整范围。
另外在科技进步的推动下，水路运输方式也在不断丰富，拖带和顶推驳船运输方式呈现出多样化和复杂化的趋势，这些发展的新情况和新趋势所产生的管理关系需要通过
《93规则》的修订来调整和规范，使得船舶签证管理进一步适应港口经济和航运生产力的发展。
四是船舶签证管理应当进一步体现高效和便民的原则。《
行政许可法》把高效原则和便民原则作为行政许可的重要原则，要求行政许可的设定和实施都要体现高效和便民，这也是依法行政的基本要求。
《93规则》在船舶签证条件的设定和签证程序的设计上，除形式上不完全符合行政许可要求外，实体上也没有很好地体现高效和便民的原则。每次进行船舶签证时都需要校验大量的文书和资料，反复提交、重复查验，给行政相对人带来了很多不便。
同样，由于船舶签证频次高，签证方式和审核手段单一，手续繁琐，造成船舶签证工作量大。据不完全统计，基层海事处有近1/3的人员和1/3的工作量用于办理船舶签证，牵涉的人力物力巨大，行政成本过高。随着航运经济的发展，船舶签证量还将越来越大，有必要重新设计，简化程序，节约行政成本，充分发挥执法资源的效率，提高行政效率。
