4、指导交通行业体制改革；维护公路、水路交通行业的平等竞争秩序；引导交通运输行业优化结构、协调发展；
5、组织公路及其设施的建设、维护、规费稽征；负责汽车维修市场、汽车驾驶学校和驾驶员培训工作的行业管理；
6、组织水运基础设施的建设、维护、规费稽征；负责水上交通安全监督、船舶及海上设施检验和防止船舶污染、航海保障、救助打捞、通信导航工作；实施船舶代理、外轮理货、航道疏浚、港口及港航设施建设使用岸线布局的行业管理；
7、制定交通行业科技政策、技术标准和规范；组织重大科技开发，推动行业技术进步；指导交通行业高等教育和成人教育以及职业技术教育；
8、负责部机关的人事、劳动工资、机构编制管理工作；按规定管理部直属单位主要领导干部；指导交通行业职工队伍建设；
9、负责政府间交通行业的涉外工作，指导利用外资工作；管理公路、水路交通与国际组织有关事宜，开展国际交通经济技术合作与交流；
10、管理和指导港口、航运公安工作；
11、承办国务院交办的其他事项。
职能变化：
1、划出的职能：将交通部代管的大连等6个海事法院纳入国家司法体系；将出租车管理职能交给地方各城市人民政府，由其自行确定管理部门。
2、划入的职能：汽车出入境运输由交通部管理。
3、转变的职能：
（1）除国家重点和大中型交通基础设施建设项目外，交通部不再直接管理项目的立项审查、评估、评优等事项；
（2）除国家重大科技项目外，交通部不再直接管理科技项目的成果鉴定、评审、评奖、推广等事项；
（3）交通行业有关培训、企业年度会计报表审计等事务性工作，交给有关社会中介机构；
（4）交通企业集团二级单位领导班子的调整和企业经营性项目的投资、生产计划、运输班期调整等生产经营权交给企业（国家另有规定的除外）。
2003年3月-2008年3月 中华人民共和国交通部
机构名称：中华人民共和国交通部
设置时间：2003年
依据：《
国务院机构改革方案》（2003）和《
国务院关于机构设置的通知》（国发[2004]8号）
主要职能：
一、拟定公路、水路交通行业的发展战略、方针政策和法规并监督执行。
二、拟定公路、水路交通行业的发展规划、中长期计划并监督实施；负责交通行业统计和信息引导。
