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4、研究制定农业产业化经营的方针政策和大宗农产品市场体系建设与发展规划，促进农业产前、产中、产后一体化；组织协调菜篮子工程和农业生产资料市场体系建设；研究提出主要农产品、重点农业生产资料的进出口建议；预测并发布农业各产业产品及农业生产资料供求情况等农村经济信息；
5、组织农业资源区划、生态农业和农业可持续发展工作；指导农用地、渔业水域、草原、宜农滩涂、宜农湿地、农村可再生能源的开发利用以及农业生物物种资源的保护和管理；负责保护渔业水域生态环境和水生野生动植物工作；维护国家渔业权益，代表国家行使渔船检验和渔政、渔港监督管理权；
6、制定农业科研、教育、技术推广及其队伍 建设的发展规划和有关政策，实施科教兴农战略；组织重大科研和技术推广项目的遴选及实施；指导农业教育和农业职业技能开发工作；
7、拟定农业各产业技术标准并组织实施；组织实施农业各产业产品及绿色食品的质量监督、认证和农业植物新品种的保护工作；组织协调种子、农药、兽药等农业投入品质量的监测、鉴定和执法监督管理；组织国内生产及进口种子、农药、兽药、有关肥料等产品的登记和农机安全监理工作；
8、起草动植物防疫和检疫的法律法规草案，签署政府间协议、协定，制定有关标准；组织兽医医政、兽药药政药检工作；组织、监督对国内动植物的防疫、检疫工作，发布疫情并组织扑灭；
9、承办政府间农业涉外事务，组织有关国际经济、技术交流与合作；
10、指导直属事业单位的工作及部属企业改革；监督部属企业国有资产保值增值；按照权限管理直属单位人事、劳动工资、机构编制工作；指导有关社会团体为农业经济发展服务；
11、承办国务院扶贫开发领导小组的日常工作；
12、承办国务院交办的其他事项。
职能变化：
1、划出的职能：
（1）将出入境口岸动植物检疫的职能，交给国家出入境检验检疫局；
（2）将农机制造方面的政府职能，交给国家经济贸易委员会；
（3）将草原野生动物保护的职能，交给国家林业局；
（4）将村镇建设规划的职能，交给建设部；
（5）将农村环境保护的职能，交给国家环境保护总局。
2、强化的职能：
（1）加强农业产业政策研究，引导农业产业结构的合理调整和农业资源的合理配置；
（2）研究提出深化农村经济体制改革和促进农业社会化服务体系建设的意见，经批准后组织实施；
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