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3、拟定节约用水政策、编制节约用水规划，制定有关标准，组织、指导和监督节约用水工作；
4、按照国家资源与环境保护的有关法律法规和标准，拟定水资源保护规划；组织水功能区的划分和向饮水区等水域排污的控制；监测江河湖库的水量、水质，审定水域纳污能力；提出限制排污总量的意见；
5、组织、指导水政监察和水行政执法；协调并仲裁部门间和省（自治区、直辖市）间的水事纠纷；
6、拟定水利行业的经济调节措施；对水利资金的使用进行宏观调节；指导水利行业的供水、水电及多种经营工作；研究提出有关水利的价格、税收、信贷、财务等经济调节意见；
7、编制、审查大中型水利基建项目建议书和可行性报告；组织重大水利科学研究和技术推广；组织拟定水利行业技术质量标准和水利工程的规程、规范并监督实施；
8、组织、指导水利设施、水域及其岸线的管理与保护；组织指导大江、大河、大湖及河口、海岸滩涂的治理和开发；办理国际河流的涉外事务；组织建设和管理具有控制性的或跨省（自治区、直辖市）的重要水利工程；组织、指导水库、水电站大坝的安全监管；
9、指导农村水利工作；组织协调农田水利基本建设、农村水电电气化和乡镇供水工作；
10、组织全国水土保持工作。研究制定水土保持的工程措施规划，组织水土流失的监测和综合防治；
11、负责水利方面的科技和外事工作；指导全国水利队伍建设；
12、承担国家防汛抗旱总指挥部的日常工作，组织、协调、监督、指导全国防洪工作，对大江大河和重要水利工程实施防汛抗旱调度；
13、承办国务院交办的其他事项。
职能变化：其职能作了如下变化：
1、划出的职能：水电建设方面的政府职能，交给国家经济贸易委员会承担；在宜林地区以植树、种草等生物措施防治水土流失的政府职能，交给国家林业局承担。
2、划入的职能：原地质矿产部承担的地下水行政管理职能，交给水利部承担。开采矿泉水、地热水，只办理取水许可证，不再办理采矿许可证；原由建设部承担的指导城市防洪职能、城市规划区地下水资源的管理保护职能，交给水利部承担。
3、转变的职能：按照国家资源与环境保护的有关法律法规和标准，拟定水资源保护规划，组织水功能区划分，监测江河湖库的水质，审定水域纳污能力，提出限制排污总量的意见。有关数据和情况应通报国家环境保护总局；拟定节约用水政策、编制节约用水规划，制定有关标准，指导全国节约用水工作。建设部门负责指导城市采水和管网输水、用户用水中的节约用水工作并接受水利部门的监督。
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