设置时间：1988年
依据：第七届全国人大第一次会议批准的
国务院机构改革方案
主要职能：新组建的水利部是国务院的水行政主管部门，并负责全国水利行业管理。新的水利部作为国务院综合管理水的职能部门，要大力贯彻《
中华人民共和国水法》，加强政策、法规、规划、协调、监督等宏观调节与控制，促进水资源的综合开发、利用和保护，更好地为国民经济各用水行业服务，同时要加强对水工程和水事活动的行业管理。
说明：撤销水利电力部，同时组建水利部。
1993年3月—1998年3月 中华人民共和国水利部
机构名称：中华人民共和国水利部
设置时间：1993年
依据：《
国务院机构改革方案》（1993）
主要职能：水利部要根据水利行业的特点，适应建立社会主义市场经济体制的要求，本着精简、统一、效能的原则，转变职能，理顺关系，精兵简政，提高效率，深化水利改革，促进水利事业的发展。
职能变化：按照国家行政管理体制改革的总体要求，水利部要进一步转变观念，转变职能，强化水利行业管理和水资源的统一管理。加强水利发展战略、规划和政策、法规及关系国计民生的大江大河大湖治理、防汛抗旱、农村水利、水土保持等方面的职能，搞好规划、协调、监督、管理、服务。把人、财、物的具体管理和专业性、技术性较强的业务工作转移给事业单位，把属于企业的权利下放给企业。
1998年3月— 中华人民共和国水利部
机构名称：中华人民共和国水利部
设置时间：1998年
依据：《
国务院机构改革方案》（1998）和《
国务院关于机构设置的通知》（国发[1998]5号）、《
国务院关于机构设置的通知》（国发[2003]8号）、《
国务院关于机构设置的通知》（国发[2008]11号）
主要职能：主管水行政，其具体职能为：
1、拟定水利工作的方针政策、发展战略和中长期规划，组织起草有关法律法规并监督实施；
2、统一管理水资源（含空中水、地表水、地下水）。组织拟定全国和跨省（自治区、直辖市）水长期供求计划、水量分配方案并监督实施；组织有关国民经济总体规划、城市规划及重大建设项目的水资源和防洪的论证工作；组织实施取水许可制度和水资源费征收制度；发布国家水资源公报；指导全国水文工作；
