(二)不断开拓创新，建立长效机制。台湾同胞投资权益保障既受两岸关系影响，又牵涉大陆多个职能部门。为适应当前台湾同胞投资保护的新形势，国务院台办积极开拓创新，推动搭建保护台商合法权益的工作平台，建立台商权益保障工作联席会议制度，并成立专司权益保障协调的工作机构，协调处理台商投资权益保护涉及的多方面问题。随着两岸经贸交流日趋深入，领域不断扩大，台湾同胞聚集的广东、上海、江苏和福建等地台湾同胞投资权益保障任务日益繁重，为构建做好台湾同胞投资权益保护工作长效机制，各地作了积极探索：一方面通过台商投资权益保护工作联席会议制度，加强各有关部门间的行政协调，共同解决难点问题；另一方面，注重发挥台商投资企业协会在政府与台湾同胞之间的桥梁作用，宣传国家法律政策，反映台湾同胞意见和心声。目前，广东省已有19个市成立了台资企业协会，东莞市台资企业协会设立“马上办”中心，为台湾同胞提供及时便利的服务，上海等地的台资企业协会也在沟通政企关系，服务台商方面发挥了重要作用。
(三)加强扶持与服务，优化投资环境。在贯彻实施
台湾同胞投资保护法工作中，各地方、各部门不断加大政策扶持和服务保障力度，努力为台湾同胞和台资企业发展创造良好环境。商务部针对台资企业在国际金融危机中遇到的困难，及时调整政策，出台加工贸易产品内销便利措施，引导台资企业开拓内销市场。各地海关对国家鼓励发展的台湾同胞投资项目自用进口设备免征关税。上海市针对企业所得税法实施实施前在加工区注册但不能享受过渡期优惠的台资企业，给予财政扶持。福建省对台资小企业实行贷款风险补偿，支持台资企业拓宽融资渠道。上海、广东、福建等地还通过简化涉台项目审批权限，扩大市 (区)、县对鼓励类项目的审批权，以及减免一批行政事业性收费和政府性基金等，切实方便台企、减轻台企负担。一些地方还针对常住大陆台湾同胞的就医、教育和社会保障等需求，积极探索，先行先试，因地制宜地制定相应的保障措施，着力解决台湾同胞投资的“后顾之忧”。检查中，针对广东省台湾同胞反映强烈的补、换发往返大陆通行证件不便的问题，国台办与公安部等部门及时协商，决定授权广东省公安部门为台胞补、换发相关证件，此措施拟于今年五月正式实施。
(四)政府与法院配合，积极调处投诉与纠纷。针对台商来大陆投资所产生的投诉与纠纷，各地指定或成立专门机构予以受理，司法部门也加强涉台纠纷案件的审理，有效促进了这些投诉与有关纠纷案件的快速妥善处理。北京市台办于 2003年成立台商投诉中心，专门受理台湾同胞投资的相关投诉，每年受理投诉案件的结案率都在90％以上。山东省台办系统自1998年至2009年共受理或接办台湾同胞投诉1242件，结案 1221件，结案率达98．3％。上海市于2009年成立专门受理和裁决台湾地区法人或自然人民商事争议的涉台仲裁中心，积极化解纠纷，受到台湾同胞的好评。福建省人民法院设立涉台审判合议庭，漳州市人民法院专门成立涉台审判庭，实行涉台案件的综合审理，收到良好的司法和社会效果。
