(一)少数法官、检察官司法不公正，仍然是群众关注的一个主要问题。部分法官、检察官司法能力不适应司法工作的要求，判断事实、适用法律、驾驭庭审、处理申诉、调解矛盾能力不强，错案时有发生。一些法官、检察官职业道德意识淡薄，执法办案不严格、不规范、不文明，办关系案、人情案、金钱案，有些明显的错案不愿纠正。少数法官、检察官思想政治素质不过硬，办案当中徇私舞弊、贪赃枉法、索贿受贿等违法犯罪行为仍有发生，损害法官、检察官队伍的整体形象。
(二)办案力量普遍不足。当前，办案力量不足问题突出，东、西部地区情况各有不同。东部地区案件数量激增，新类型案件不断出现使办案难度加大，但因编制不足、人员结构不合理以及为控制财政支出而控编、预留编制作他用等原因，导致办案力量不足的矛盾日渐突出。江苏全省法院2005年审(执)结案件数比法官法实施前增长 44．2％，但在审判岗位工作的法官只增长了 14．6％；全省基层检察院近5年增加的人员中，被任命为检察官的只占19．7％。中西部和贫困地区经济欠发达，基础薄弱，法律人才资源不足，法官、检察官面临断档，一些基层法院由于审判人员严重不足，合议庭都难以组织。贵州省息烽县法院反映，从
“两官法”实施到2005年，案件净增两倍，人员却少了3人。山西反映，全省基层检察院普遍存在1人科室或2人科室。有些中西部地区的基层法院、检察院常常遇到虽有编制，但无人报考的窘况。办案力量不足，使法官、检察官长期处于超负荷、高强度的状态当中，既影响办案质量，也影响身心健康。
(三)“以收定支”、“收支挂钩”等违反财政纪律的做法屡禁不止。黑龙江、广西、贵州、吉林、河南等地都反映，经济不发达地区特别是中西部一些地区基层法院、检察院的办案经费难以列入财政预算，即使列入也难以保证，法院办案收取的诉讼费、检察院办案收缴的赃款仍是一些地方核定法院、检察院经费的重要依据，“收支两条线”名存实亡，执行走样。有的地方为了解决经费困难而违纪多收乱收、多罚乱罚。一些基层法院院长、检察院检察长常常把相当的精力用在跑经费上。“以收定支”、“收支挂钩”的做法，既妨碍法律和中央政策的执行，也在一定程度上制约法官、检察官公正履行职责，容易衍生腐败行为。
(四)
“两官法”的一些规定未能落实。在
“两官法”中，有多处要求“由国家另行规定”或由有关部门“制定”规定(如法官、检察官的等级编制、工资标准、审判津贴、检察津贴等)的条款，但到目前为止，这些有关法官、检察官职业保障的配套规定仍未出台，使
“两官法”中有关激励机制的一些规定未能落实。
